Selon l'article 16.9 du traité sur l'Union Européenne : « La présidence des formations du Conseil est assurée par les représentants des États membres au Conseil selon un système de rotation égale, dans les conditions fixées conformément à l'article 236 du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne. »
La présidence du Conseil de l'Union européenne, ou couramment présidence de l'Union européenne est une présidence tournante du Conseil de l'Union Européenne (ou Conseil des ministres) assurée, à tour de rôle par chacun des 27 pays de l’Union européenne, selon un système de rotation prédéfini pour une période de 6 mois. L’ordre de rotation, défini à l’unanimité par le Conseil de l'UE, repose sur le principe d’une alternance entre les « grands » et les « petits » Etats membres. Les changements de présidence ont lieu au 1er janvier et au 1er juillet de chaque année.
Suite à l'entrée en vigueur du Traité de Lisbonne, la présidence tournante du Conseil de l'Union européenne est doublée d'un poste de président du Conseil européen pour une durée de deux ans et demi. Cette création d’un président du Conseil européen élu pour une durée de 5 fois 6 mois était l’une des innovations majeures du projet de Constitution européenne, conservée par le traité « modificatif » de Lisbonne. Ce Traité de Lisbonne prévoit que le président est élu à la majorité qualifiée par le Conseil européen, c'est-à-dire par les chefs d'États et de gouvernement des États membres. Rien n'est dit de la procédure devant intervenir préalablement à cette élection, les États étant laissés maîtres de décider ou d'improviser le moment venu. Ce mode de désignation de ce président, qui fait intervenir les chefs d’État et de gouvernement des États membres, n’est pas sans rappeler ce qui avait cours dans le Saint-Empire romain germanique. En effet dans le Saint-Empire Romain Germanique jusqu'à 1356, l’empereur était en effet élu par un collège d’une centaine des principaux nobles d’Europe Occidentale de l’année 962 à l’année 1208 ou ils n’étaient plus que 55 et seulement 4 en 1257 à la fin du règne des grands empereurs alsaciens Hohenstaufen et début du grand Interrègne qui dura jusqu’en 1273.L’empereur Charles IV du Luxembourg par sa Bulle d’Or de 1356 fixa juridiquement et définitivement la procédure de désignation de l'empereur (en fait « roi des Romains » qui ne prenait théoriquement le titre d'empereur qu'une fois couronné à Rome par le pape). De 1356 jusqu’en 1806 l’'empereur était élu par les 7 Grands Electeurs , 3 religieux, les princes-archevêques de Mayence, Cologne et Trèves et 4 princes laïcs, le roi de Bohème, le comte Palatin du Rhin, le duc de Saxe et le marquis de Brandebourg auquel s’ajoutera à la suite du traité d’Utrecht en 1713, un huitième, le prince-électeur de
Hanovre . Ces 7 puis 8 dignitaires avaient la responsabilité et le privilège d'élire le nouvel empereur lors d'un vote à la majorité. L'application, en novembre 2009, des modalités de désignation du président permanent du Conseil européen, a permis d'apporter des premières réponses quant à la mise en œuvre technique et les motivations de cette élection sans précédent mais finalement pas si inédite. Par un défaut donc de culture générale, peu de personnes ont observé en effet que l'élection en 2009 du premier Président de l'Union Européenne ressemblait beaucoup à celle du premier empereur Habsbourg du Saint Empire Romain Germanique, Rodolphe Ier en 1273. En effet après le règne des puissants empereurs Hohenstaufen et notamment du véritable génie que fut Frédéric II de Hohenstaufen, les grands nobles, ducs et princes-évéques de l'empire, préférèrent élire à la dignité impériale un simple comte originaire d' Alsace, Rodolphe de Habsbourg, du nom d'un château situé dans l'actuel canton d'Argovie en Suisse en pensant ainsi que celui-ci n'aurait guère d'autorité sur eux. L'avenir a montré qu'il est devenu l'ancêtre d'une famille qui a fini par détenir pratiquement de manière héréditaire jusqu'à François II,le dernier empereur romain germanique que Napoléon Ier a contraint de renoncer le 8 aout 1806 à la dignité impériale romaine. Les Représentants des Etats de l'Union Européenne auraient d'ailleurs pu marquer symboliquement sans risque l'événement en se mettant d'accord sur le nom d'un vieux et digne député européen l’Archiduc Otto (ou Othon) de Habsbourg (Habsburg) descendant de l'empereur Charles Quint, arrière petit-fils du duc de Bourgogne Charles le Téméraire, et du Duc François de Lorraine.Une telle désignation d’un Habsbourg, au-delà de la symbolique très forte que cela aurait représenté, aurait en tous cas donné avec l’Archiduc Otto de Habsbourg-Lorraine un prestige considérable à cette nouvelle fonction de Président .Les dispositions générales qui encadrent le nouveau statut de Président du Conseil européen apparaissent à l'article 15 du traité sur l'Union européenne. Il préside et anime, dans une recherche de cohésion et de consensus, les travaux du Conseil européen - l'organe intergouvernemental qui définit les orientations générales de l'UE. On voit mal comment ce premier Président de l'Union Européenne peut parvenir à avoir l'autorité nécessaire pour assumer correctement ses fonctions quelles que soient les qualités de Monsieur Hermann von Rompuy alors que l'Archiduc Otto en aurait eu nécessairement plus ne serait-ce que comme autorité morale incontestée d’autant que il se serait trouvé avoir à ses cotés une présidence tournante hongroise. S'il aurait pu étre un premier Président de l'Union aux pouvoirs limités, son choix aurait sans doute contraint les européens à réfléchir sérieusement à la question de savoir si l'Europe n'aurait pas besoin d'avoir comme Chef d'Etat un Empereur plutôt qu'un Président .
Ceci étant du 1er janvier au 30 juin 2011, la Hongrie a pris la tête du Conseil de l'Union européenne. Succédant à la Belgique, la Hongrie est le troisième pays de la nouvelle Europe à exercer la présidence tournante, et à ce titre, elle entend mener à bien des actions dans les Balkans. Organisées en trio pour une période de 18 mois, l'Espagne (janvier à juin 2010), la Belgique (juillet à décembre 2010) et la Hongrie (janvier à juin 2011) sont censés travailler ensemble pour assurer la continuité et le bon fonctionnement des nouvelles règles institutionnelles. La présidence hongroise entendait développer en priorité le thème de l'intégration dans sa région, les Balkans, avec l'élargissement, aussi bien de l'Union européenne que de l'espace Schengen. Elle souhaitait aussi promouvoir un partenariat oriental avec l'Arménie, l’Azerbaïdjan, la Géorgie, la Moldavie, l’Ukraine et, sous conditions, la Biélorussie. Un autre sujet qui lui tenait à cœur était celui de la gestion des ressources naturelles, et en particulier de l'eau. Mais la crise économique, dans et hors de la zone euro, ainsi que le délicat dossier de la révision du traité de Lisbonne, l'ont obligée à revoir ses priorités. Elle garde cependant la tâche de mener à bien la signature d'un grand accord énergétique avec la Russie. Enfin, elle souhaitait promouvoir la diversité culturelle et les différentes identités nationales et régionales, mais cette priorité-ci cède elle aussi la place à des sujets plus brûlants.
Si le Président Hermann von Rompuy semble avoir réussi à s’imposer et à se faire une place au milieu des institutions compliquées de l’Union Européenne à tel point qu’on puisse le comparer sur ce point à l’empereur Rodolphe de Habsbourg, qui, petit comte, avait réussi à s’imposer aux grands ducs de l’empire, , sa fonction manque encore de visibilité à l’intérieur de l’Union ou peu de citoyens sont capables de dire qui est le président et ce qu’il fait ; et c’est encore pire aux yeux de l’ Etranger ou cette Présidence bicéphale stable et tournante apparait comme une étrangeté peu compréhensible.
Une révision du Traité de Lisbonne s’impose afin de mettre fin à une telle situation incohérente et de renforcer la fonction du Président de l’Union Européenne.
Surtout l’Allemagne -qui a de bonnes raisons de penser que peu à peu l’Union Européenne et l’Euro deviennent pour elle un fardeau plutôt qu’un atout- est en droit de demander que soit remise d’actualité la question de l’adoption d’une Constitution européenne faisant de l’Union Européenne un Etat Fédéral ayant à sa tête un Chef d’Etat représentatif, son Président. Hors un tel état fédéral, il ne saurait en effet étre exigé davantage de solidarité que maintenant entre les états membres ; surtout avec un tel Etat ces derniers ne pourraient plus en matière de politique étrangère et de défense, en matière d’immigration et de droit d’asile, de politique énergétique prendre seuls des décisions qui font apparaitre à l’extérieur les divisions de l’Union et l’affaiblisse.
Si ce n’est pas l’Allemagne qui en relance l’idée, ce n’est certainement pas le nouveau couple franco-britannique qui le fera, et ce d’autant moins qu’il a fait choix de former avec le Président des Etats Unis un Triumvirat de direction d’une OTAN qui elle-même devient non pas un facteur d’intégration de l’Union Européenne mais de désintégration de sa PESD ( Politique Européenne de Sécurité et de Défense)