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4. Seigneurie / Baronnie de Gex,

Le Pays de Gex appelé pagus equestris dépend alors de l'archevêché de Besançon. La seigneurie de Gex s'étend elle  du pont de Bargen sur l'Aar (canton de Berne) à Chatillon en Michaille. Elle comprend une dizaine de châteaux : Gex, Divonne, La Bâtie, Horimont (Gex), Flies, Pouilly, St Jean de Gonville, Pougny, Ecorans, Pierre, la Cluse de Gex (Collonges), répartis sur la frontière et sur le chemin du pied du Jura. Le Comte de Genève devient maître de la baronnie de Gex entre 1124 et 1137.

Maison de  Genève

.Amédée Ier (décédé en 1211) seigneur de Gex de ?   à  1211

Fils du comte de Genève Amédée Ier. Il est l’époux de Poncia, fille d’Humbert de Thoire-Villars ; lui succède son fils Etienne, seigneur de Gex de 1211 à 1235.

.Etienne ( ?- 1235) seigneur de Gex de 1211 à 1235 

Fils du précédent.

.Amédée II ( ?-1247), seigneur de Gex de 1235 à 1247

Frère du précédent ; deuxième fils d’Amédée Ier. Il épouse Béatrice fille d’Ulrich IV  de Bagé.                                                          

.Léonète ( ?-1302), baronne  de Gex de 1247 à  1302

A la mort d'Amédée II de Gex, sa fille aînée Léonète hérite de la baronnie et  épouse Simon II de Joinville, fils de Simon de Joinville et de Béatrice ou Béatrix d’Auxonne, dame de Marnay.

Simon II est le beau-frère de Pierre de Savoie. A la mort de celui-ci dont la fille Béatrice de Faucigny a épousé Guigue Dauphin de Viennois, les Joinville se trouvent dans un inextricable jeu d'alliances

Maison de Joinville

.Guillaume de Joinville (? - 1310), baron de Gex de 1302 à 1310

Fils des précédents ; marié à Jeanne, fille de Louis I^er de Savoie baron de Vaud et fils de Thomas II de Piémont, de qui il a :

.Hugues de Joinville (? - mai 1347/48), baron de Gex de 1310 à 1347/1348

Marié à Jeanne fille d'Henri de Montfaucon ; n'ayant pas eu d'enfant, sa succession revient à sa sœur Éléonore, mariée à Hugues de Genève.

.Hugues de Genève, dernier baron de Gex de 1347/1348 à 1353

Fils d'Amédée II de Genève, marié à Éléonore de Joinville (? - 1360), par qui lui échoit le titre de baron.

En 1353 la ville de Gex est prise par les Savoyards, et le pays de Gex est incorporé pendant près de deux siècles aux Etats de Savoie ; cette annexion est entérinée par le traité de Paris de 1355.

En 1535, Bourg en Bresse est pris par les Français et repris par le duc Philibert  Emmanuel de Savoie qui la transforme en place forte. A la mort du duc de Milan, duché sur lequel François Ier maintient ses prétentions, celui-ci commence la Huitième guerre d’Italie ( 1536-1538) et au début janvier 1536 avant de se rendre combattre en Italie occupe avec 40 000 Hommes la Bresse, le Bugey, le Valromey , le Faucigny ,une partie du Genevois, la Savoie propre, la Tarentaise et la Maurienne tandis que ses alliés de fait les Bernois envahissent les Etats de Vaud, le Pays de Gex, la partie du Genevois autour de Saint Julien en Genevois et le Chablais de Genève à la  Dranse de Thonon  tandis que les  Valaisans occupent le Chablais de la Dranse jusqu’à Saint Maurice avec les vallées d’Abondance et d’Aulps. Le 30 janvier 1536, les armées bernoises investissent  Divonne et Gex. Au printemps Berne est maîtresse du pays de Gex.Son administration est confiée à un bailli nommé pour six années et responsable devant le Grand Conseil de Berne. Six baillis se succédèrent de 1536 à 1567, tous appartiennent à de grandes familles bernoises. Ils conservent les structures judiciaires et administratives, confirmant dans leurs droits les seigneurs locaux ; seule la seigneurie de Fernex, bien ecclésiastique, est vendue à Hugues bâtard de Gingins.

 La onzième et dernière guerre d’Italie de 1556 à 1559  se termine à la suite de la victoire de Saint Quentin par le duc de Savoie Emmanuel Philibert, général des armées impériales de l’empereur et de Philippe II roi d’Espagne qui contraint le roi de France Henri II de signer le traité de Cateau-Cambrésis par lequel il doit restituer au duc de Savoie les territoires occupés par la France dont la Bresse et le Bugey. En 1560, François II rend leurs possessions aux ducs de Bourbon qui récupérèrent également leurs possessions de Dombes. L'empereur n'ayant pas eu l'ambition de contrer le roi de France lorsqu'il avait confisqué ce territoire relevant pourtant de sa juridiction, les ducs de Bourbon érigent la Dombes en petite souveraineté indépendante dont Trévoux devint, suite logique à l'ampleur prise par la ville à la fin du Moyen Âge, la capitale. 

Le duc de Savoie engage les hostilités contre Genève dans l'été de 1585.

.Charles-Emmanuel Ier de Savoie (1580- 1630)

Fils d’ Emmanuel-Philibert, il conserve le vieux rêve de reconstituer à son profit le Royaume de Bourgogne-Provence ; mais son espoir s’avère vain.

Henri IV  envahit le pays, détruit un grand nombre de Châteaux ; Bourg en Bresse tombe mais sa citadelle une des plus imprenables résistent six mois.  Henri IV occupe la Savoie en 1600 (deuxième occupation par la France).  Pris, repris, le Pays de Gex est systématiquement pillé par les troupes ducales et genevoises. Celles-ci, avec l'appui d’Henri IV occupent finalement le pays. Charles Emmanuel Ier doit signer le 17 janvier 1601 le Traité de Lyon  par lequel il cède au royaume de France la Bresse, le Bugey, le Valromey et le Pays de Gex qui sont rattachées alors au duché de Bourgogne. Seul le  «  Chemin des Espagnols » (Vallée de la Valserine) reste au Duché de Savoie (par ce chemin  commençant à Gênes, et  passant par la commune de Clarafond, le pont de Grésin, la vallée de la Valserine et la Franche-Comté, les troupes espagnoles pouvaient aller, grâce à l’alliance avec les Ducs de Savoie et les Ducs de Lorraine, de la Méditerranée au Pays-Bas sans toucher les territoires français).