empireromaineuropeen

L’histoire de ce comté de Bourgogne ne peut se comprendre si on ne la rattache pas à la grande histoire de la Bourgogne qui, comme la Lorraine à l’origine, englobe une région plus vaste que les territoires actuels du même nom. Or cette grande histoire trouve son origine dans celle du Premier royaume Burgonde créé en 443 sur les terres assignées aux envahisseurs burgondes par le général romain Aetius constituées approximativement par :

.les territoires qui constitueront le duché de Bourgogne (Dijon) ;

.les territoires qui constitueront le comté de Bourgogne ou Franche-Comté

.ceux qui constitueront la partie occidentale de la Suisse à l’Ouest de l’Aar et de la Reuss.

.la Provence.

En effet en 534, le roi franc Clovis bat les Burgondes et incorpore leur royaume à celui des Francs, il n’en reste pas moins que les Burgondes au nombre d’environ 80 000 ont pu représenter de 5 à 15 % des populations gallo-romaines des régions ou ils se sont établis avec lesquelles ils se sont fondus donnant à celles-ci un certain particularisme. Cinq comtés composent ce qui deviendra le comté de Franche comté : comté de Port, de Scoding/Escuens, d’Amaous/Amous, de Warasch/Varais et la ville de Besançon.

Dans l’empire de Charlemagne, la Bourgogne reste un vaste comté regroupant pratiquement tous les territoires du premier royaume burgonde (Burgundy).

Après le démembrement de l’empire de Charlemagne au traité de Verdun de 843, entre ses trois petits-fils Charles le Chauve, roi de Francie Occidentale, Lothaire, empereur et roi de Francie Médiane et Louis le Germanique, roi de Francie orientale, les territoires relevant de ce premier royaume burgonde sont partagés en deux parties, l’une située à l’Ouest de la Saône relevant du Royaume de Francie Occidentale de Charles le Chauve, tandis que les autres à l’est de la Saône et du Rhône, appelées Bourgogne Transjurane et Bourgogne Cisjurane (dont dépend la Provence) dont le comté de Bourgogne s’étendant jusqu’à l’Aar est incorporée au Royaume de Francie Médiane de son frère ainé l’empereur Lothaire (843-855). 

À la mort de l’empereur Lothaire Ier en 855, son fils Lothaire II (855-869)  n'hérite pas de toute la Francie Médiane mais récupère seulement  le nord devenant le  royaume de Lotharingie avec la Bourgogne Transjurane et fixe sa capitale à Metz.

Eudes, comte de Troyes est l’un des grands de Bourgogne qui se révoltent contre Charles le Chauve en 858, et qui font appel à Louis le Germanique. Mais quand l’année suivante, Charles le Chauve prend le dessus sur son frère, Eudes est châtié et perd son comté. Il trouve alors refuge l’autre côté de la Saône.

En 862, Lothaire II prend pour concubine Waltrade et souhaite l’épouser en répudiant son épouse Thieberge. Cet événement va perturber toute l’existence de ce roi. Le pape Nicolas I^er (858-867) refuse ce remariage et envoie ses légats à Metz où réside le roi, pour le contraindre à renoncer.

En 863, Eudes rentre dans les faveurs de Charles le Chauve et obtient le comté de Mâcon s’installant ainsi sur les deux côtés de la Saône. Cette même année 863, à la mort de son frère Charles de Provence, le roi de Lotharingie Lothaire II reçoit le duché du Lyonnais.

En 865, sous la menace de ses oncles les rois Charles le Chauve et Louis le Germanique, et la pression toujours aussi forte du pape, Lothaire II doit renoncer à sa concubine et reprend son épouse légitime.

La montée en puissance d’Eudes s’accentue, en 867, Charles le Chauve lui accorde les comtés de Troyes et d’Autun. En 869, lors du passage du roi Lothaire II à Besançon, Eudes demande au roi de traiter le différend qui l’oppose à l’archevêque Arduic (843-871) sur des possessions de terres dans le Jura. Le roi donne raison à Eudes qui les conserve.

À la mort du roi Lothaire II, Eudes participe à la découpe du royaume de Lotharingie entre les deux oncles du défunt Charles le Chauve et Louis le Germanique lors du traité du 8 août 870 à Meerssen. Charles le Chauve acquiert la région jusqu’à la Meuse et le tiers de la Frise sauf Utrecht, ainsi que les régions le long du Rhône et de la Saône. Louis II de Germanie, roi de Francie Orientale a les comtés de Warasch/Varais, d'Amaous/Amous et de Port issus du premier royaume burgonde sur l’actuel territoire de la France Comté.

Les partages de 843 à Verdun, 855 à Prüm, 870 à Meerssen sont ainsi à l'origine de la séparation des territoires en Bourgogne occidentale (duché) et orientale (comté): l'ouest de la Saône et du Rhône va à Charles le Chauve, l'est à Lothaire. Au IX° siècle, le territoire du premier royaume Burgonde va donc être disputé entre les Carolingiens de Francie Occidentale et les futurs rois du deuxième Royaume de Bourgogne.

Eudes annexe Besançon (le reste du Varais passe à Louis), le Lyonnais, le Viennois, le Sermorens, le Vivarais, l’Uzège, c’est-à-dire la portion de la succession de Charles de Provence qui était échue à Lothaire II en 863. Il perd Aix-la-Chapelle et Metz, mais la possession de Besançon et de Grenoble lui ouvre la route de l’Italie. Louis le Germanique obtient les deux tiers de la Frise avec Utrecht et Maastricht, les pays de la rive droite de la Meuse, à l'est de l'Ourthe et de la Moselle avec Metz et le long du Rhin (Aix-la-Chapelle, Sarre, Alsace) et le nord du Jura.

À partir de 870, suite à la disparition d’Eudes, le comte du Varais, Rofroi (870-895), exerce un pouvoir archi-comtal sur la Haute-Bourgogne. Malgré ses protestations et le soutien du pape Adrien II, Louis II ne réussit pas par la suite à récupérer son héritage et meurt en 875.

Vers 876, le fils d’Eudes, Gui (876-882) est nommé comte, et exerce sur la partie du comté de Varais de son père, un pouvoir délégué par les rois carolingiens. 

En 879, Louis II le Bègue, successeur de Charles II le Chauve, nomme Boson de Provence tuteur de ses deux premiers fils cohéritiers Louis III et Carloman II. Tandis que Louis III le Jeune, roi  de Francie Orientale s'apprête à faire la guerre à ses cousins les rois de Francie Occidentale Louis III et Carloman II, Boson V de Provence , qui est le fils de Bivin de Vienne, comte d’Ardenne et de Metz, et lui-même duc de Lombardie, duc de Provence, comte d'Autun, de Berry, de Chalon, de Mâcon et de Troyes, ainsi qu’ abbé laïc de Saint-Maurice d'Agaune en profite pour se faire proclamer  roi de Provence  à Mantaille le 15 octobre 879, avec la présence de l’archevêque de Besançon. Ce royaume se constitue alors de la Provence, du Dauphiné, de la Savoie, du Lyonnais, de ce qui deviendra le comté de Bourgogne( Franche-Comté), des diocèses de Mâcon, de Chalon, de Viviers, d'Uzès, de Vienne, de Valence, d'Avignon et d’Arles soit  la Bourgogne Transjurane. Ses possessions couvrent donc une large part de l'ancienne Burgondie. Mais le roi Carloman II, soutenu par le propre frère de Boson, Richard dit le Justicier, réduit son royaume à la Provence.   Boson exerce son pouvoir jusqu’en 880, année où est signé le traité de Ribemont entre Louis III le Jeune, roi de Francie Orientale, et ses cousins, les frères carolingiens, rois de Francie Occidentale Louis III et Carloman II. Par ce traité,  en échange de la neutralité de Louis III le Jeune, fils de Louis le Germanique, les rois de Francie Occidentale lui concèdent la partie de la Lotharingie qu'ils possédaient depuis le traité de Meerssen et peuvent ainsi mener la lutte contre Boson. Carloman II est soutenu par le propre frère de Boson, Richard  dit le Justicier.

Le roi de Francie occidentale Charles le Chauve récupère lui le comté de Portois et une partie du comté de Varais et notamment Besançon. Les autres comtés sont incorporés dans le royaume de Francie orientale de Louis le Germanique.

Le comte Richard reprend, en 880, la ville de Mâcon, puis, en 882, celles de Lyon et de Vienne. Cette guerre ne prend fin qu'en 887, avec la mort de Boson et le mariage de sa fille avec le roi Carloman II .  Richard reçoit, pour ses services, le comté d'Autun qui appartenait jusqu'alors à  son frère.

.Rodolphe Ier (859-911) roi de Bourgogne de 888 à 911

En 888, Rodolphe, fils de Conrad II, duc de Bourgogne transjurane et d’Auxerre marié à Willa de Provence, fille de Boson V de Provence, est proclamé roi de Bourgogne à l’abbaye de Saint Maurice en présence de l’archevêque de Besançon  puis  couronné roi de Bourgogne et de Lotharingie à Toul par l'évêque Arnaud (Arnald). Sa sœur Adélaide épouse la même année  Richard de Bourgogne dit le Justicier auquel elle apporte en dot le comté d’Auxerre. De leur union naissent :

-Raoul ou Rodolphe (v.890-936), duc de Bourgogne, abbé laïc de Saint-Germain d’Auxerre et de Sainte-Colombe de Saint-Denis-lès-Sens (921-923), puis roi de Francie Occidentale  (923-936);

-Hugues (891-952), duc de Bourgogne, comte d'Outre Saône (923-952) et de Mâcon (927-952), et marquis de Provence (936-952);

-Boson (895-935), abbé laïc de Saint-Pierre de Moyenmoutier et du Saint-Mont de Remiremont;

-Ermengarde, duchesse de Bourgogne, mariée à Gilbert de Vergy, comte de Dijon, de Beaune et de Chalon, puis duc de Bourgogne.

-Alix, mariée à Reinier (?-931), comte de Hainaut.

En 890, Richard le Justicier acquiert le comté de Nevers et en 894, il s'empare du comté de Troyes en profitant des troubles semés par la mort du comte Adalelme de Troyes. Enfin, il conquiert, l'année suivante, sur le roi Eudes Ier le comté de Sens. Il est alors suzerain des comtés suivants : Comté de Chalon, comté de Charolais, comté de Charolais,, comté de Mâcon, comté d’Autun, comté de Nevers, comté d'Avallon, comté de Sancerre, comté de Tonnerre, comté de Senlis, comté d'Auxerre, comté de Sens, comté de Troyes, comté d'Auxonne, comté de Bourgogne , comté de Montbéliard, comté de Bar. Enfin en 898, le comte Richard est autorisé par ce même souverain à fusionner ses comtés et  prend alors le titre de marquis de Bourgogne, jusqu'en 918, puis celui de duc et ainsi l’auteur de la partition pour 4 siècles de la Bourgogne entre duché de Bourgogne rattaché au Royaume de France et comté de Bourgogne partie du Second Royaume de Bourgogne puis du Saint Empire.

Les comtés de la Haute-Bourgogne sont englobés dans ce royaume de Bourgogne Transjurane qui s’étend sur les deux versants du Jura avec comme limite à l’ouest, les rives de la Saône.

Le roi Rodolphe Ier s’appuie sur l’évêque de Besançon Thierry, qu’il nomme archichancelier de son royaume. Au début de son règne, il a fort à faire avec les rois carolingiens : Arnulf, roi de Germanie, Zwentibold, roi de Lorraine et fils du précédent, et Louis, roi de Provence fils de Boson. Zwentibold envahit en 894 le nord du nouveau royaume jusqu’au diocèse de Besançon et Louis intervient dans le sud de celui-ci. Zwentibold se maintient jusqu’en 900 sur la Haute Bourgogne, et Thierry s’est rallié au nouveau souverain. Les décès successifs d`Arnulf et de Zwentibold et l’intérêt pour l'Italie de Louis, laissent le champ libre à Rodolphe I^er qui agrandit et consolide son royaume.

.Rodolphe II (vers 880-937) roi de Bourgogne-Provence de 912 à 937 roi d’Italie de 922 à 925

Fils de Rodolphe Ier. C’est un souverain batailleur. Il doit dans un premier temps, défendre avec succès son royaume contre une tentative de conquête par le roi des Francs et de Lorraine, Charles III le Simple.

Vers 914, Hugues le Noir (914-952) est pourvu du comté de Varais. Hugues le Noir est le second fils du duc de Bourgogne Richard le Justicier, et le neveu maternel du roi de Bourgogne Transjurane Rodolphe I^er. Peu de temps après, il exerce son autorité sur le comté de Portois.

En 918, Rodolphe II fait la guerre au duc de Souabe, Burchard, mais il est défait. En 919, Hugues, à la mort du duc d'Aquitaine Guillaume le Pieux, hérite du Lyonnais, dans le royaume de Bourgogne Cisjurane de son cousin Louis. La paix s’obtient  par le mariage en 921 de Rodolphe II avec Berthe la fille du duc de Souabe. Dès 921, il est le comte prépondérant sur la Haute-Bourgogne.

L’année suivante, il est aux côtés de son frère Raoul et du duc Robert dans la lutte contre le roi de Francie Occidentale, Charles III le Simple.

Puis en 922, Rodolphe II se voit proposer en 922 par les nobles d’Italie du Nord la couronne de ce royaume dont le roi est Bérenger de Frioul. Rodolphe II traverse alors les Alpes. En 926 Bérenger est assassiné mais les grands d’Italie ne veulent plus de Rodolphe II comme roi lui préférant Hugues  qui le 9 juillet est élu roi d’Italie à Pavie.  Cette même année 926, le roi de Francie orientale Henri Ier intervient dans le royaume de Bourgogne et reconnait à son roi Rodolphe II l’investiture sur les terres situées  entre l’Aar en Suisse et le Rhin avec le comté de Bâle mais en contrepartie il se fait remettre la Sainte Lance, insigne de la monarchie bourguignonne ce qui ressemble à un acte de vassalité garantissant sa protection à l’égard des ambitions du roi de Francie Occidentale Raoul.

Hugues étend son autorité pendant l’année 927 sur le comté de Mâcon, à la suite de la disparition de la famille des  comtes d’Auvergne. Il s’appuie sur ce comté sur le vicomte Aubri ou Albéric. Il est présent en 928, à l’assemblée de Lausanne tenue par son cousin le roi Rodolphe II.

Celui-ci se fait céder le comté de Bourgogne par Louis III l’Aveugle, fils de Boson et réunit en 934 le royaume de Bourgogne-Cisjurane et Provence à son royaume de Bourgogne Transjurane lequel devient ainsi royaume de Bourgogne-Provence (ou royaume d’Arles qui en est la capitale) lequel recouvre pratiquement l’ancien territoire du premier royaume burgonde à l’exception de la Basse Bourgogne devenue le duché de Bourgogne, du Lyonnais et du Viennois qui dépendent alors du royaume de Francie occidentale.

En 936, le duc de Bourgogne Raoul meurt subitement sans héritier direct. Hugues le Noir prend possession du duché de Bourgogne, mais ne réclame pas la succession sur le royaume de Francie Occidentale. Louis IV qui vient d’être couronné se dirige vers la Bourgogne, pour faire reconnaître son autorité, Hugues le Noir refuse de prêter serment, et se retire dans ses terres Outre-Saône. Il gouverne sur les deux rives de la Saône. Il s’appuie sur ses fidèles vassaux que sont Gilbert, comte de Chalon et de Beaune, Aubri, vicomte de Mâcon, Liétaud fils d’Aubri et Robert, vicomte de Dijon.

Le roi de Bourgogne-Provence Rodolphe II meurt en 937 laissant 4 enfants mineurs. Conrad n’a que douze ans.

.Conrad III (925-993) roi de Bourgogne-Provence de 973 à 993  

Hugues, roi d'Italie, souhaite profiter de la minorité du jeune roi, pour unir son royaume à celui d'Italie, et former un immense royaume. Il épouse Berthe, la veuve de Rodolphe, et prend sous sa protection sa fille Adélaïde, qui est fiancée à son fils Lothaire.

Mais Othon I^er roi de Francie orientale intervient dans le royaume bourguignon et sous prétexte de servir de protecteur à Conrad III, le conduit en Allemagne et le retient prisonnier dans son palais. Conrad est élevé à la cour germanique. Ceci donne prétexte en 937, à Hugues le Noir pour refuser de consentir l’hommage au roi de Bourgogne Conrad.

Sur la Haute Bourgogne, les comtes ont tendance à privilégier l’ouverture vers le royaume de Francie occidentale, notamment Hugues le Noir qui est à la fois duc de Bourgogne et archi-comte sur la Haute-Bourgogne. Conrad III, comme son père et comme ses successeurs, est peu libre de ses mouvements, et se déplace uniquement sur son domaine propre : Aix les Bains, Lausanne, Vevey et est donc peu présent sur les autres terres de son royaume.

En 938, Hugues se soumet au roi des Francs Louis IV et reconnaît son autorité. Du coup, les terres de Haute-Bourgogne situées jusqu’à présent hors du royaume des Francie occidentale commencent à entrer dans une certaine mouvance  française. Louis IV devient donc souverain de la Haute-Bourgogne, du Lyonnais et du Viennois.

Vers 940, Conrad épouse Adélanie, qui lui donne deux enfants, dont un fils qui décède avant son père.

En 941, sous la pression du roi Othon de Francie Orientale (Germanie), il se voit contraint de ne plus nuire à Hugues le Grand et Herbert de Vermandois, ses adversaires sur la Bourgogne ducale. Othon libère Conrad en 942, lequel prend la succession de son père sur le royaume de Bourgogne-Provence. L'un de ses premiers actes est du 3 juillet 942 à Saint Maurice d'Agaune ou Conrad concède à Albéric, vicomte de Macon, un certain nombre de terres et de biens dans la région de Salins, base de la seigneurie de Salins.

En 944, Conrad peut enfin réunir son premier plaid royal dans le Viennois en présence des ecclésiastiques : Guy, archevêque de Lyon, Sobon, archevêque de Vienne, Aymon , évêque de Genève, Béraud, évêque de Lausanne et des grands nobles, Hugues, archi comte de Haute Bourgogne, Charles-Constantin, comte de Vienne, Boson, comte d’Arles, Guillaume, comte d’Avignon, frère de Boson, Liétaud, comte de Macon, et Humbert, sire de Salins, frère de Liétaud.  Il se brouille de nouveau en 943, avec le roi de Francie Occidentale Louis IV, et doit partager sur le duché son autorité avec Hugues le Grand.

Cette même année 943, Albéric, fils du vicomte de Narbonne Mayeul, qui a épousé Attala, l’héritière de la vicomté de Mâcon, étend son autorité sur des terres de Salins, de Pontarlier et de Besançon, avec la bienveillance de Hugues le Noir et du roi de Bourgogne-Provence Conrad. Albéric est enterré en 945, dans la première église Saint-Étienne de Besançon. Liétaud II (945-965) fils d’Albéric, succède à son père sur les comtés de Mâcon et de Besançon, tandis que son frère Humbert hérite des terres de Salins. Tous les deux rendent hommage à Hugues le Noir.

Dès 948, Conrad, appuyé par Othon, réussit à faire reconnaître sa suzeraineté sur l'ancien royaume de Provence. Conrad  affirme son autorité en créant le marquisat de Provence et en nommant trois comtes et des vicomtes, étrangers au pays, dont un à Arles qui va rapidement supplanter tous les autres. Il s'agit du comte d'origine bourguignonne Boson II (parent éloigné du Boson  de la fin IX^e siècle), à l'origine de la première lignée des comtes de Provence.

Hugues se réconcilie en 949, avec le roi de Francie occidentale Louis IV et redevient le premier personnage du duché.

Deux ans plus tard, le roi Louis IV accompagné de Liétaud vient à Besançon rencontrer Hugues le Noir. Cette même année 951, Adélaïde, la veuve du roi d'Italie Lothaire, épouse en secondes noces Othon Ier, roi de Francie orientale  qui devient ainsi roi d’Italie et donc beau-frère du roi de Bourgogne-Provence Conrad.  À la mort d’Hugues le Noir, en 952, c’est Gilbert de Chalon (son gendre) qui récupère les terres d’Hugues.

Albéric ou Aubri II (965-982) hérite à la mort de son père des mêmes territoires.

En 958, le roi de Bourgogne-Provence Conrad épouse Mathilde, fille du roi de Francie occidentale Louis IV, mais surtout nièce d’Othon, la mère du futur Rodolphe III. Les relations avec la famille Ottonienne se renforcent.

En 962, Othon Ier, roi de Francie Orientale  est sacré empereur restaurant la dignité impériale disparue en 924 avec le dernier empereur carolingien.

.Othon Ier (912-973) duc de Saxe en 936, roi de Francie Orientale de 936 à 961, roi d’Italie en 951,empereur romain germanique de 962 à 973

Le roi de Bourgogne Conrad a trois filles, l’aînée Gisèle, de son premier mariage, épouse le duc de Bavière Henri; Berthe du second mariage, épouse le comte de Blois Eudes, et Gerberge, la cadette, épouse le duc de Souabe Hermann. Elles sont à l’origine de la guerre de succession après la mort de leur frère. Conrad a également deux enfants d’une concubine, Burchard et Conon-Conrad.

Sur la Provence, Conrad nomme le comte d'Arles, Guillaume, gouverneur de cette région. En 972, Guillaume rassemble avec son frère Rothbold (Roubaud), une armée de fidèles et ils chassent de toute la Provence, les groupes de pirates sarrasins qui ont infesté la région, depuis de nombreuses années. Pour cet acte auquel le roi Conrad n’a pas pris part, Guillaume obtient la suzeraineté sur la Provence. 

.Othon II (955-983) ,roi de Francie Orientale de 961 à 983, roi d’Italie en 980, empereur romain germanique en 973 à 983

Fils d’Othon Ier

À la mort d’Albéric II, un personnage se manifeste, c’est Otte-Guillaume, fils du roi d’échu d'Italie Adalbert I^er, et de Gerberge de Chalon, fille du comte Lambert. Il est le beau-fils du duc de Bourgogne Eudes-Henri après le remariage de sa mère. Il épouse Ermentrude de Roucy veuve d’Albéric II, et gouverne les comtés de Mâcon et de Besançon, au nom de ses deux beaux-fils, Liétaud et Aubri.

En 984, Adélaïde, veuve de Othon I^er, demande à son frère le roi de Bourgogne-Provence Conrad III d’intervenir dans la succession de Germanie ; en effet son petit-fils Othon III est retenu prisonnier par Henri le duc de Bavière. Conrad III accompagné de seigneurs italiens et lorrains, se dirige vers le Bavarois, celui-ci voyant la partie perdue, relâche Othon III. Ce dernier hérite de l’empire et devient roi des romains en 993 sous la régence de sa mère. Cette même année 993, Rodolphe III succède à son père Conrad III comme dernier  roi de Bourgogne Provence.

En 996, Robert II le Pieux succède comme roi de Francie Occidentale à son père Hugues Capet et épouse Berthe la sœur du roi de Bourgogne Rodolphe III, veuve d’Eudes de Blois (ce mariage est rejeté par l'Église, pour lien de parenté entre les deux époux. Les deux grands-mères, paternelle de Robert et maternelle de Berthe, sont sœurs et filles du roi de Germanie Henri I^er).  

.Othon III (980-1002),roi de Francie Orientale de 983 à 1002, roi d’Italie en 996, empereur romain germanique de 996 à 1002

Fils d’Othon II

.Rodolphe III (vers 965-1032) roi de Bourgogne-Provence de 993 à 1032

Fils de Conrad III.

.Henri II dit le Saint (973-1024), roi de Francie Orientale de 1002 à 1024, roi d’Italie en 1004, empereur romain germanique en 1002 à 1024

Fils d’Othon III.

En octobre 1002, Henri, duc de Bourgogne, meurt sans laisser d’héritiers légitimes. Fils d’Hugues le Grand, le défunt est l’oncle de Robert II le Pieux, qui a donc des droits sur le duché. Toutefois, cet héritage est réclamé par Otte-Guillaume, comte de Bourgogne dont la mère, Gerberge, a épousé Henri en secondes noces.  En 1003, Robert II fait marcher ses troupes vers la Bourgogne, en direction d’Auxerre. Mais l’expédition est un échec. Le roi de Francie Occidentale  lance  une nouvelle offensive en 1005. Cette fois-ci, ses troupes parviennent à prendre Auxerre et Avallon, ce qui incite le comte de Bourgogne à négocier. Il accepte alors  de céder le duché de Bourgogne à Robert II, à l’exception de Dijon, entre les mains de Brun de Roucy, évêque de Langres résolument hostile aux Capétiens. En 1012, répondant à l’appel de l’archevêque de Sens Léotheric, qui dénonçait la politique défensive de Rainard, comte de Sens. (ce dernier  érigeait des fortifications dans la cité, alors que le comté de Sens ouvrait la route vers le duché de Bourgogne) Robert II décide d’intervenir, non seulement parce que ces constructions étaient menaçantes, mais en outre parce que la prise de Sens permettait de couper en deux les Etats d’Eudes II, comte de Blois.

En 1015, Rainard est excommunié, et Robert II lance une offensive qui lui permet de prendre Sens. Le vaincu décide alors de négocier avec le roi de Francie Occidentale, lui proposant de rester à la tête du comté jusqu’ à sa mort, le territoire revenant ensuite à la couronne de Francie Occidentale. Robert II accepte, puis il se rend à Dijon, ou Brun de Roucy vient de mourir. Rentrant dans la ville en janvier 1016, le Capétien devient maître enfin de la totalité du duché de Bourgogne intégré au royaume de Francie Occidentale qui devient définitivement séparé du comté de Bourgogne (future Franche-Comté). 

Cette même année 1016, l’empereur Henri II force son cousin le roi Rodolphe III de Bourgogne, sans héritier, à le prendre pour héritier. A la mort d’ Henri III en 1024, Rodolphe III est contraint par les nobles de son royaume à révoquer cette donation mais un an plus tard, Rodolphe se voit à nouveau contraint de renouveler son engagement à l’égard du nouveau roi de Francie orientale Conrad II, mari de sa nièce Giséle, fille de sa sœur Gerberge. 

.Conrad II dit le Salique (990-1039) ) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1024 à 1039, roi d'Italie de 1026 à 1039, empereur romain germanique de 1027 à 1039, roi de Bourgogne-Provence de 1032 à 1039

Fils de l'empereur Henri II. 

A la mort de Rodolphe III, en 1032, l’empereur Conrad II le Salique hérite du Royaume de Bourgogne-Provence (encore appelée Royaume d’Arles car c’est cette ville qui en est la capitale) qui devient un des quatre royaumes de l’empire.

Besançon est un archevêché qui comme tous les archevêchés de l’empire a à sa tête un archevêque qui dispose non seulement du pouvoir spirituel sur le territoire de l’archevêché mais du pouvoir comtal (temporel) sur la ville bénéficiant de l'immédiateté impériale ce qui en fait  un vassal direct de l'empereur et non un vassal du comte de Bourgogne.

Au milieu du X siècle, le comte de Mâcon Liétaud parvient à réunir dans sa main les pouvoirs dévolus aux comtes carolingiens dans chaque pagus (comté). À sa mort, ses droits passent à son fils Aubry II et la veuve d'Aubry, héritière de ses droits les porte à son second mari, Otte-Guillaume de Bourgogne, petit-fils de Bérenger II, marquis /margrave d’Ivrée/Ivréa,

Otte-Guillaume est depuis considéré traditionnellement comme le premier comte de Bourgogne.

Maison d’Ivrée

.Otte-Guillaume (962-1026), comte de Bourgogne de 982 à 1026 et duc de Bourgogne de 1002 à 1004

En 996, Berthe, la sœur du roi Rodolphe III, veuve d’Eudes de Blois épouse le roi de Francie Occidentale Robert II qui succède à son père Hugues Capet.

En 1002, Otte-Guillaume est nommé par les nobles de Bourgogne, duc de Bourgogne, mais il se heurte au nouveau roi de Francie Occidentale, Robert II qui revendique la succession de son oncle Henri duc de Bourgogne

Le roi Robert II doit se séparer de Berthe, et épouse en 1003, Constance d'Arles, la fille du comte de Provence Guillaume.

Otte-Guillaume renonce au duché de Bourgogne en 1004, et se consacre à assurer son autorité sur les terres bourguignonnes à l’est de la Saône, tout en conservant ses droits sur les comtés de la Bourgogne Franque (Beaumont, Fouvent et Oscheret) ; Les comtes de Bourgogne conserveront ainsi pendant longtemps de nombreuses terres ou suzerainetés situés dans le duché de Bourgogne  Durant quarante-quatre ans, Otte-Guillaume est le maître souverain des comtés Outre-Saône avec ses fils, et s’oppose à l’autorité du roi Rodolphe III de Bourgogne sur ces territoires.

La reconnaissance de l' empereur Henri II comme  héritiers du roi de Bourgogne Rodolphe III, n’est pas du goût d’Otte-Guillaume qui entre en rébellion contre son roi. 

.Henri III dit le Noir (1017-1056) roi de Francie Orientale de 1028 à 1056, roi de Bourgogne-Provence de 1038 à 1056, roi d’Italie en 1039, empereur de 1046 à 1056

Fils de Conrad II.

A la mort de Rodolphe III en 1032, le royaume de Bourgogne-Provence est néanmoins rattaché au puissant empire romain germanique dont le comté de Bourgogne, exempt de tout impôt permanent d’où son futur nom de Franche-comté. L’histoire de cette Franche-Comté impériale commence donc avec Otte-Guillaume. À la mort de son fils aîné, Gui, Otte-Guillaume partage ses terres : Renaud, son second fils reçoit les comtés d'Amous, Varais et Portois tandis qu’Otton, son petit-fils reçoit le Mâconnais et l’Escuens.

.Renaud (1006-1057), premier comte palatin de Bourgogne                /             pfalzgraf Burgund de 1026 à 1057

Renaud poursuit la lutte engagée par son père. Il soutient Eudes, comte de Blois  qui est l’héritier le plus direct du roi Rodolphe III car il est le fils de sa seconde sœur  Berthe. Dès 1033 ils occupent les châteaux de Joux, de Neuchâtel et de Morat (alors dans le comté de Bourgogne).

L’empereur Conrad II pénètre dans le comté de Bourgogne par Bâle et le 2 février 1034, se fait couronner roi de Bourgogne-Provence à Payerne (alors dans le comté de Bourgogne et actuellement dans le canton de Vaud en Suisse) puis  le 1^er aout se fait de nouveau couronner dans la cathédrale Saint Pierre de Genève ou sont réunis les plus grands nobles du royaume de Bourgogne-Provence.

Le comte de Bourgogne Renaud est banni comme chef des révoltés et doit se réfugier au-delà de la Saône dans le duché de Bourgogne ou l’accueille le duc de Bourgogne Robert le Vieux. Après la mort d’Eudes de Blois en 1037, lors de la bataille de Hanol entre Bar-le-Duc et Verdun, contre les troupes impériales, le roi de Bourgogne, l’empereur Conrad II décide de lever les sentences contre ses adversaires d’hier et envoie une ambassade au comte Renaud, réfugié à Dijon, qui lui annonce ses désirs de réconciliation. Renaud devient, comte palatin (Pfalzgraf titre donné dans l’administration impériale, à ceux qui sont chargés d’administrer les terres et de rendre la justice au nom de l’empereur. Ses successeurs continueront à porter ce titre.

.Henri IV (1050-1106) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1056 à 1099, roi de Bourgogne-Provence de 1056 à 1106, roi d'Italie en 1080, empereur  de 1084 à 1105

Fils d'Henri II. 

.Guillaume (1020-1087), comte palatin/Pfalzgrafchaft de Bourgogne de 1057 à 1087, comte de Macon

Il succède à son père Renaud qui l’a déjà associé aux décisions comtales depuis quelques années et assure l’autorité sur le Comté de Bourgogne en l’absence de tout souverain.

Après la mort le 27 juillet 1066 de l’archevêque de Besançon Hugues de Salins (ou Besançon) puis celle en 1069 de son frère Guy, Guillaume devient le personnage le plus important du comté. Il reçoit son suzerain et neveu l’empereur Henri IV, le jour de Noël 1076 à Besançon. Henri IV, excommunié en début d’année par le pape Grégoire VII (1073-1085), se rend en Italie à Canossa afin de rencontrer le pape. Guillaume I^er, surnommé le Grand ou Tête Hardi, récupère en 1078, le comté de Mâcon, suite au retrait au monastère de Cluny de son cousin Gui de Mâcon. Avec son épouse Etiennette de Bourgogne, il a comme enfants :

-Octavien.

-Eudes.

-Guillaume.  

-Ermentrude mariée à Thierry I^er, comte de Montbéliard, d'Altkirch et de Ferrette. 

-Gui, administrateur de l'Archevêché de Besançon  puis élu  pape en 1119 sous le nom de Calixte II.

-Étienne I^er, comte de Bourgogne.                                          

-Sybille (aussi appelée Mahaut), épouse Eudes I^er, duc de Bourgogne.                                                       

-Raymond de Bourgogne marié à Urraque I^re, reine de Castille et de Léon.                                                

-Hugues.                                                                                

-Gisèle, mariée  à Humbert II, comte de Savoie, puis à Rénier de Montferrat.                                            

-Clémence mariée  à Robert II, comte de Flandre, puis  à Godefroid Ier, duc de Brabant.                         

-Étiennette.                                                                           

-Berthe, épouse d’Alphonse VI, roi de Castille et de Léon.

.Henri V (1086-1125) roi de Francie Orientale (Germanie de 1099 à 1125, roi d'Italie de 1098 à 1125 roi de Bourgogne-Provence de 1056 à 1125, empereur de 1111 à 1125

Fils de l'empereur Henri IV 

.Renaud II (1061-1097) comte palatin de Bourgogne, de Mâcon, de Vienne et d'Oltingen de 1087 à 1097

Fils du comte Guillaume Ier de Bourgogne, frère aîné du comte Étienne Ier de Bourgogne et frère du pape Calixte II.

En 1087, les deux frères Renaud et Etienne succèdent à leur père Guillaume  et se partagent le pouvoir.

En 1092, la puissance de Renaud est énorme, ses terres s’étendent du Beaujolais aux rives de l’Aar, suite à son mariage Régine d'Oltingen, fille « héritière » du comte Conon d'Oltingen (région de Bâle) dont il hérite des titres et domaines par mariage et l’héritage laissé par son père.

La famille s’engage massivement dans la lutte en Terre Sainte et paie un lourd tribut lors de la première croisade vers l’an 1100, puisque Renaud, Étienne et Hugues meurent là-bas. La puissance de la famille se trouve alors fortement réduite dans la Comté.

.Etienne Ier (vers 1065-1102), comte palatin de Bourgogne de 1097 à 1102

Frère du précèdent.

D’abord régent du comté pendant l'absence de son frère Renaud parti à la croisade, Il lui succède à 32 ans et décède comme lui à la croisade.

.Guillaume II (1105-1125) dit l’Allemand, comte palatin de Bourgogne de 1097 à 1125

Fils du comte Renaud II de Bourgogne .

Elevé par son grand-père maternel Conon, il succède à son père Renaud II. Il épouse Agnès de Zaehringen  fille de  l’important duc d’empire Berthold. Il consacre son temps à réconcilier l’Église et l’empereur sur l’investiture des élections épiscopales. Il convoque en octobre un concile à Reims, et grâce à l’action médiatrice de Pons, abbé de Cluny, et de sa rencontre à Mouzon avec Henri V,  le concordat de Worms est conclu en septembre 1122.

En 1125, l’empereur Henri V décède sans héritier direct. Les électeurs réunis à Mayence font le choix entre Frédéric de Hohenstaufen, neveu d’Henri V et duc de Souabe, et Lothaire de Supplimbourg, duc de Saxe. C’est ce dernier qui est élu, malgré les dernières volontés d’Henri V en faveur de son neveu. Lothaire est soutenu par les princes ecclésiastiques et notamment l’archevêque de Mayence.

.Lothaire II ou III de Supplinbourg (1075-1137) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1125 à 1137, roi de Bourgogne-Provence de 1125 à 1137, empereur de 1133  à 1137

Le fils de Guillaume II, Guillaume III (1125-1127) encore enfant, disparaît en février 1127 assassiné avec des barons de sa suite dans l’enceinte de l’abbaye d’Hauterive à Payerne. Sa mort ouvre la succession sur le comté entre son oncle maternel Conrad de Zahringen et son cousin paternel Renaud de Mâcon.

.Renaud III (1127-1148), comte palatin de Bourgogne de 1125 à 1148

Fils d'Étienne, il succède à son cousin au détriment du Zaehringen. Il refuse de rendre l’hommage au roi Lothaire II, sous prétexte que ce dernier n’a pas de droits sur le comté de Bourgogne. Il invoque que ses aïeuls rendaient l’hommage aux rois de Germanie car ils étaient issus de Conrad II et de Gisèle, or Lothaire n’a pas de lien familial avec eux. Il installe sa résidence à Dôle, qui devient la capitale du comté de Bourgogne.

.Conrad III de Hohenstaufen (1093-1152) roi de Bourgogne-Provence de 1138 à 1152, roi des Romains (empereur) de 1138 à 1152

En 1138, l’élection à l’empire de Conrad III de Hohenstaufen se fait au détriment des pouvoirs du comte. En effet Conrad a lui des liens familiaux avec les prédécesseurs de Lothaire ; par sa mère, il est le neveu d’Henri V. L’empereur confisque les Etats de Renaud III et les donne à Conrad de Zaehringen, avec le titre de recteur de Bourgogne. Renaud III soutient la guerre contre le recteur, mais il est battu par ce dernier, fait prisonnier et amené devant l’empereur. Il doit alors abandonner les terres qui deviendront suisses à l’est du Jura, mais il conserve les terres à l’ouest du massif jurassien.

À la mort de Renaud III, son frère Guillaume IV de Mâcon, de retour de Terre sainte assure la régence en attendant la majorité de sa nièce Béatrice. Il tente de prendre le titre de comte de Bourgogne, en retenant prisonnière la jeune comtesse, mais l’empereur envoie Berthold IV de Zahringen la délivrer.

Frédéric Ier de Hohenstaufen dit Barberousse vient dans le comté dès le 15 février 1153. Il séjourne à Besançon et à Baume les Dames montrant qu’il entend s’intéresser personnellement au royaume de Bourgogne. Il vient s’assurer de la fidélité de son vassal en rencontrant Guillaume IV de Bourgogne qui a succédé à son frère Renaud cinq auparavant en écartant sa nièce Béatrice. Guillaume meurt en 1155.  

Maison de Hohenstaufen 

.Frédéric I^er de Hohenstaufen  dit Barberousse (1122-1190) duc de Souabe et d'Alsace, roi de Francie Orientale (Germanie) de 1155 à 1190 , roi d'Italie de 1155 à 1190, comte palatin de Bourgogne (Franche-Comté) roi de Bourgogne-Provence de 1152 à 1190, empereur romain germanique de 1155 à 1190 

En 1155, Frédéric Ier de Hohenstaufen devient empereur. Il est duc de Souabe (duché dont fait alors partie l’Alsace). Il prend aussitôt le contrôle du comté de Bourgogne en faisant prisonnier le fils de l’héritier du comte Guillaume IV de Bourgogne et en épousant le 9 juin 1156 dans la cathédrale de Wurzbourg la comtesse héritière de Bourgogne, Béatrice Ière de Bourgogne ce qui le fait comte de Bourgogne.

En octobre 1157, il préside une diète à Besançon et se rend dans le sud du comté notamment à Salins et à Arbois. Il revient en 1161 à Vesoul et à Besançon après que ses représentants ont rencontré ceux du roi de France Louis VII à Saint-Jean-de-Losne pour échanger sur le schisme religieux de l’époque. Frédéric soutient les antipapes Victor IV (1159-1164), Pascal III (1164-1168) et Calixte III (1168-1177), et Louis VII le pape Alexandre III (1159-1181) ; ils se mettent d’accord sur une entrevue commune des souverains pontifes; mais celle-ci n’a pas lieu.

Il passe de nouveau à Besançon et à Dôle en 1166 pour aller combattre en Italie du Nord, les villes lombardes qui soutiennent le pape, et repasse dans la Comté lors de son retour en 1168. Il est encore présent en 1173, 1176 et 1178 à Besançon et dans le comté; mais c’est Dôle qui a sa prédilection, il y construit un château, et il confirme cette ville comme capitale du comté.

Pendant quinze ans, Frédéric Barberousse s’épuise en vain à vouloir imposer son antipape. Il soutient les exactions de ses vassaux les comtes de Chalon sur Saône et de Mâcon contre les églises et notamment celle de Cluny, qui soutiennent le pape. Tout rentre dans l’ordre en 1177, par la paix de Venise et la fin du schisme. Après cette paix de Venise, Barberousse pénètre en Bourgogne, et le 30 juillet 1178, il se fait couronner roi de Bourgogne, par l’archevêque d’Arles.

L’empereur répond favorablement à l’appel à la croisade du pape. Barberousse décide de prendre le chemin par la Hongrie et l’empire romain d’Orient, mais il meurt en route le 10 juin 1190, en se noyant lors de la traversée du fleuve Cydnos, en Cilicie. 

.Henri VI de Hohenstaufen dit le Cruel (1165-1197) roi de Francie Orientale (Germanie) dès 1169 jusqu’à 1197, empereur de 1191 à 1198,roi de Sicile de 1194 à 1197

Fils de Frédèric Ier

.Othon I^er (1170-1200), comte palatin de Bourgogne et comte de Luxembourg de 1190 à 1200

Quatrième fils de Frédéric Barberousse et de la comtesse Béatrice I^re de Bourgogne (Maison d'Ivrée).

Il hérite du comté. D’un tempérament brutal, il entre en conflit avec l’évêque de Strasbourg Conrad II de Hunebourg, et tue de ses propres mains, le comte Amédée de Montbéliard en 1195; l’année suivante il cherche à s’emparer de force des terres de son frère Conrad, duc d'Alsace, et en 1197, c’est le comte de Ferrette Ulrich I^er, qu’il assassine. Sa rapide disparition favorise l’opposition des nobles locaux, et notamment du comte d'Auxonne Étienne III (1173-1237), fils d'Étienne II. À sa mort  en 1200, Othon laisse deux filles.

.Jeanne Ière de Bourgogne (1191-1205), comtesse de Bourgogne de 1200 à 1205

Jeanne fille ainée d’Othon hérite du comté, mais elle meurt rapidement et c’est sa sœur cadette Béatrice II qui hérite du comté de Bourgogne, et le gouverne avec sa mère, Marguerite de Blois.

.Philippe Ier de Hohenstaufen (1177-1208) roi des Romains en 1198, roi de Francie Orientale de 1198 à 1208

En 1198, deux rois des Romains sont élus : Philippe Ier de Hohenstaufen et Othon de Brunswick. Les deux sont donc candidats à l'élection impériale. Le pape prend le parti  d'Othon, mais celui-ci ne sera couronné qu'après l'assassinat de Philippe Ier en 1208. 

Maison d’Andechs 

.Béatrice de Bourgogne (1193-1231), comtesse de Bourgogne de 1205 à 1231 et Othon II de Bourgogne (1180-1234), comte de Bourgogne de 1231 à 1234

Pour mettre fin aux agitations dans le comté, le roi de Germanie, Philippe de Hohenstaufen, frère d’Othon I^er, marie sa nièce Béatrice II en 1208 à Othon II (1208-1234), duc de Méranie (duché situé sur la côte dalmate), mais prince d’origine bavaroise, fils du duc d'Andechs et de Méranie Berthold IV von Diessen ; étranger au pays par son origine, sa langue et sa culture, il s’en désintéresse. Cette même année 1208, l’empereur Philippe de Hohenstaufen est assassiné  par son rival l’empereur Otton IV.

Ce mariage déclenche un conflit entre Othon et le comte Étienne d'Auxonne, de 1208 à 1211. Étienne souhaitait en effet que son fils Jean épouse Béatrice pour que le comté revienne dans les mains de la famille des premiers comtes de Bourgogne.  

.Othon IV de Brunswick (1175/1176-1218) roi des Romains en 1198, empereur de 1209 à 1214

.Frédéric II de Hohenstaufen (1194-1250) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1212 à 1250 , roi d’Italie de 1198 à 1250, roi de Sicile de 1198 à1250, roi de Bourgogne-Provence de 1198 à 1250 , empereur de 1220 à 1250

Sous le règne de Béatrice, Jean de Chalon (1224-1268), fils d'Étienne de Chalon, soutient en 1224/1225 les Bisontins érigés en Commune dans le conflit qui les oppose à l’archevêque de Besançon Gérard (1220-1225). Un accord est conclu en 1225, entre Jean de Chalon et le nouvel archevêque Jean Halgrin (1225-1227), et les Bisontins font leur soumission. A partir de 1230, Jean de Chalon, surnommé le Sage ou l'Antique est comte de Chalon sur Saône et d'Auxonne, il a épousé Mahaut la fille du duc de Bourgogne Hugues III ; il est aussi l’arrière-petit-neveu maternel de l’empereur Frédéric Barberousse.

.Othon III (1208-1248), comte de Bourgogne de 1234 à 1248

Fils du précédent.

Comme lui il se désintéresse du comté. Les forces locales conduites toujours par le comte Étienne d'Auxonne, s’abandonnent aux désirs d’autonomie, plus ou moins attisés par le roi de France et le duc de Bourgogne, seul l’archevêque de Besançon continue de soutenir le parti de l’empire.

En 1236, sa sœur Alix de Méranie épouse Hugues de Chalon, le fils de Jean de Chalon, qui réalise en 1237 un échange de terres avec le duc de Bourgogne Hugues IV en lui cédant ses terres de Chalon sur Saône et d'Auxonne contre la baronnie de Salins et d’autres terres comtoises (Ornans, Val de Miège, Chaussin, …) possessions qui lui apportent une richesse plus importante grâce notamment aux salines. Le château d'Arlay lui permet de tenir Lons le Saunier sous son autorité; mais sa résidence est celle de la forteresse de Nozeroy entre Pontarlier et Lons le Saunier.

En 1242 le duc de Bourgogne Hugues IV obtient d’Othon III en contrepartie d’un remboursement de dettes, la garde du comté de Bourgogne.

Othon III décède sans héritier. Son décès marque la fin de la lignée impériale masculine allemande directe des comtes palatins de Bourgogne de la Maison de Hohenstaufen et de la Maison d'Andechs et la restauration de la lignée des comtes palatins de Bourgogne de la maison d'Ivrée. Le comté de Bourgogne revient sous la suzeraineté du duché de Bourgogne.

.Conrad IV (1228-1254) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1237 à 1254, roi de Bourgogne-Provence de 1250  à 1254, roi de Sicile de 1250 à 1254 

.Grand Interégne de 1256 à 1273

.Guillaume Ier de Hollande, anti-roi de Francie Orientale de 1254 à 1256 (contre Frédéric II et Conrad IV)

.Richard Ier de Cornouailles, roi de Francie Orientale de 1257 à 1272

.Alphonse de Castille anti-roi de Francie Orientale de 1257 à 1272 (contre Richard Ier)

.Alix/Adélaide  (1209-1279) comtesse de Bourgogne de 1248 à 1279

Avant de mourir, le comte Othon III choisit parmi ses quatre sœurs Alix ou Adélaide, l’épouse d’Hugues de Chalon, pour lui succéder.

En 1251, son beau-père Jean de Chalon rencontre Guillaume de Hollande et lui demande d’ériger la seigneurie de Salins en terre d’empire. Il obtient également des droits impériaux sur Besançon et Lausanne. Jean II rachète les droits que possède Frédéric III de Hohenzollern sur le comté (ce dernier est le beau-frère d'Othon III). Jean possède alors plus de cinq cents fiefs dans le Comté de Bourgogne.

En 1258, les Bisontins se révoltent de nouveau contre l’archevêque Guillaume (1245-1268), Jean et Hugues de Chalon les soutiennent, la querelle gagne tout le comté et de nombreux nobles rejoignent les révoltés. Le pape Alexandre IV (1254-1261) condamne en 1259 cette révolte et demande l’intervention du roi de France Louis IX, et du duc de Bourgogne Hugues IV.

En 1264, un traité de garde est alors passé entre le duc de Bourgogne Hugues IV et les citoyens de Besançon.

En 1267 le comte Hugues de Chalon meurt, suivi l’année suivante par son père Jean de Chalon. Ce dernier laisse à sa mort onze enfants issus de ses trois mariages, qui forment trois lignées rivales et qui vont se partager ses domaines.

Alix se remarie en 1268, avec le comte de Savoie Philippe (1268-1285), mais aucun enfant ne naît de cette seconde union. 

.Rodolphe Ier de Habsbourg(1218-1291), roi de Francie Orientale, roi des Romains (empereur) en 1273,  roi de Bourgogne-Provence de 1273 à 1291, Landgraf de Haute Alsace

A partir de 1273, la comtesse Alix  se retrouve face à l'empereur Rodolphe Ier de Habsbourg qui veut restaurer la vassalité du comté de Bourgogne à l’égard du Saint Empire.

Le 8 mars 1279, elle meurt à Évian-les-Bains  à l'âge de 70 ans.

.Othon IV (avant 1248 -1303), comte palatin de Bourgogne de 1248 à 1303

Fils d’Alix ou Adélaide et d’Hugues de Chalon, il hérite en 1279 des terres de ses parents. En 1263, il épouse Philippa de Bar, fille du comte Thiébaut II de Bar.

Les rivalités entre Otton et son oncle Jean de Chalon-Arlay alimentent une période de troubles. Otton se jette éperdument dans l’alliance française, tandis que son jeune oncle se tourne lui vers l’empereur de Rodolphe I^er de Habsbourg.

Le conflit s’accentue par l’alliance entre le comte de Bourgogne et les Bisontins qui se sont érigés en Commune en 1277.

Vers 1280, Otton IV s’abandonne davantage au clan français. Il renonce au blason à l'aigle et en adopte un autre pour marquer son rapprochement avec la France.

Mais l’empereur Rodolphe Ier de Habsbourg profite du conflit entre l’évêque de Bâle et le comte de Montbéliard Renaud de Bourgogne, frère d’Otton IV, pour ramener à la soumission le comte de Bourgogne. L’armée de Rodolphe forte de vingt-milles hommes se met en marche en 1289, et après la prise de Montbéliard, se présente devant Besançon, où se sont réfugiés Otton et Renaud. Rodolphe ne peut s’emparer de la cité mais fait dévaster les abords tandis que Jean I^er de Chalon-Arlay, son allié, bloque les murs. Otton IV se soumet à l’empereur, et conseille à la Commune de traiter avec l’empereur qui reconnaît aux Bisontins leur commune autonome. La ville de Besançon obtient son indépendance communale et se gouverne librement, tout en étant soumis comme tout le comté de Bourgogne à l’autorité de l’empereur.

Devenu veuf, Othon IV se remarie en 1291 avec la comtesse Mahaut d'Artois fille du comte d'Artois Robert II, petite-nièce du roi Louis IX avec laquelle il a trois enfants :

-Jeanne II de Bourgogne.                                                       

-Blanche de Bourgogne.                                                            

-Robert de Bourgogne.

Désargenté, Othon IV signe un traité secret à Vincennes par lequel il vend son comté au roi de France Philippe IV en échange du mariage de ses deux filles avec les fils de Philippe.

En 1293, Jean de Chalon-Arlay acquiert par personne interposée, la mairie de Besançon. L’année suivante grâce au soutien de l’empereur, il obtient la vicomté de la ville. L’empereur le nomme ambassadeur impérial auprès du Saint-Siège.

.Adolphe de Nassau (avant 1250-1298) roi de Francie Orientale de 1292 à 1298, roi de Bourgogne-Provence de 1291 à 1298, empereur de 1292 à 1298

En 1295, Jeanne de Bourgogne épouse Philippe et sa sœur Blanche épouse Charles. La première devait selon les termes du contrat conserver le titre de comtesse de Bourgogne et la seconde est dédommagée avec une dot en argent.

La plupart des nobles comtois refusent de rendre hommage au roi de France et se regroupent autour de Jean de Chalon-Arlay. Ce dernier prend la tête de la ligue des coalisés pour s’opposer à la prise de possession par le roi de France. Ils sont financés par les Anglais et l’empereur.

.Albert I^er de Habsbourg  (1255-1308) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1298 à 1308 , roi de Bourgogne-Provence de 1298 à 1308, empereur de 1298 à 1308

Fils de Rodolphe Ier. 

Après six ans de conflit, en 1301, les nobles comtois se soumettent à leur nouveau maître, Philippe le Bel. Jean de Chalon-Arlay reçoit en 1302 une pension royale.

C'est leur fille Jeanne II de Bourgogne (comtesse héritière des comtés d'Artois et de Bourgogne) qui, en devenant reine de France par mariage avec le roi Philippe V de France, amène les comtés de Bourgogne et d'Artois dans les possessions royales.

Le comte Othon IV  meurt au service de Philippe le Bel le 17 ou le 26 mars 1303. En 1306, Philippe le Bel  attribue le titre de «gouverneur du comté au nom du roi France» à Jean de Chalon-Arlay.

.Robert de Bourgogne (1300-1315), comte titulaire de Bourgogne de 1303 à 1315

En 1307, le mariage entre Jeanne I^er de Bourgogne (1307-1330) et Philippe de France, le futur Philippe V le Long, ne change pas la situation, Philippe le Bel gouverne la province.

Les Bisontins se soulèvent contre le nouveau gouverneur, mais ce dernier mate la rébellion en infligeant une sévère défaite aux troupes communales dans la combe de Gisey, près d'Arguel en août 1307.

En 1308, un traité de gardiennage est signé entre Jean de Chalon-Arlay et les Bisontins, à Montfaucon, valable soixante ans. Ainsi après vingt ans d’effort, il est enfin le maître de la ville, puisqu’il possède la mairie, la vicomté et qu’il en est le gardien. Les descendants de Jean de Chalon-Arlay seront à la tête de tous les mouvements de rébellion dans l’histoire du comté de Bourgogne.

.Henri VII de Luxembourg (vers 1275-1313) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1308 à 1313. roi d'Italie de 1311 à 1313, roi de Bourgogne-Provence de 1311 à 1313, empereur de 1311 à 1313

Ce n’est qu’à la mort en 1314 de Philippe le Bel que Jeanne II et Philippe V le long se mettent en possession du comté.

Philippe devenu roi de France en 1316, confie le comté à son épouse Jeanne.

.Louis IV de Bavière (1282-1347) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1314 à 1347, roi de Bourgogne-Proveence de 1314 à 1347, roi des Romains en 1314, empereur de 1328 à 1347, roi d'Italie de 1328 à 1347

.Jeanne II (vers 1291-1330), comtesse palatine de Bourgogne de 1315 à 1330, reine de France de 1316 à 1322, comtesse d'Artois de 1329 à 1330,

Fille d'Othon IV et de Mathilde d'Artois, dite Mahaut d'Artois, comtesse d'Artois.

Maison capétienne de Bourgogne

.Jeanne III (1308-1347), comtesse palatine de Bourgogne de 1330 à 1347

Fille aînée du roi Philippe V et de Jeanne II de Bourgogne ; elle épouse en 1318 le duc Eudes IV de Bourgogne. Ce mariage permet à leurs descendants de refaire l’unité de la Bourgogne bien que le duché continue de relever du royaume de France et le comté de l’empire romain germanique.

Eudes fonde le Parlement de Dôle le 09 février 1332.

Le gouvernement dur d'Eudes, sa volonté de dominer le comté en imposant un bailli, en blessant dans leur orgueil les nobles, dressent ces derniers contre le duc-comte.

A l’investigation de Jean II de Chalon-Arlay (1322-1362)  à trois reprises (1335-1337, 1342-1343 et 1346-1348) des soulèvements seigneuriaux rompent la paix relative qui existe depuis le début du siècle. En avril 1336, Jean II de Chalon-Arlay, fort du soutien d’Henri de Montbéliard, de Thiébaud de Neufchâtel et des Bisontins, déclare la guerre. Ses troupes brûlent Salins et Pontarlier. Eudes IV rassemble les siennes et marche sur les ligueurs; la rencontre a lieu entre Besançon et Avanne, où mille bisontins périssent. La médiation de l’archevêque de Besançon, Hugues de Vienne arrête le conflit. Il reprend à l’hiver 1337, mais la médiation du roi de France met un terme au combat. Les chefs des révoltés sont emprisonnés. Jean II est emmené en prison à Montréal en Auxois, il y reste un an. 

En 1337, c’est le début de la guerre de Cent Ans entre les Anglais et les Français. Eudes rejoint le roi Philippe VI, qui le charge de défendre les environs de Saint-Omer ; il y bat les Anglais.

Le fils d’Eudes IV et de Jeanne II, Philippe épouse en 1338 la comtesse de Boulogne et d'Auvergne Jeanne I^ère, l’Etat bourguignon s’amorce.

La guerre civile reprend en 1342, car Jean II, humilié par son emprisonnement, refuse de détruire sa forteresse de Salins, et Eudes IV n’oubliant pas l’incendie de Salins, les braises du conflit de 1336 ne sont pas éteintes. Les hommes du duc-comte s’emparent du château de Châtelguyon, appartenant au sire d'Arlay. Ce dernier se réfugie dans le Haut-Doubs pour poursuivre la lutte. Eudes s’en prend à Thiébaud de Neufchâtel, qui vaincu, implore la paix.

Par sa mère, Jean II de Chalon-Arlay, descend des Dauphins de Viennois. Il décide en 1344 de passer un accord avec son cousin Humbert II, en lui remettant les terres qu’il possède dans le Dauphiné.

En 1346, la défaite des Français à Crécy en août, prive Eudes du soutien du roi. Puis le malheur frappe la famille ducale, Philippe est tué au siège d'Aiguillon, en septembre, où il combat dans l’armée française. Jean II en profite pour former une nouvelle ligue. Il demande l’appui financier des Anglais et l’obtient en octobre. Les escarmouches sont nombreuses, mais aucune bataille n’est décisive. Eudes s’absente de la Comté pour aller prêter main forte au roi au siège de Calais. La guerre épuise matériellement les belligérants et sur l’arbitrage du roi un traité de paix est signé à l’automne 1347. Eudes doit restituer ses dernières conquêtes ; Jean de Chalon rebâtit Châtelguyon; il ressort comme vainqueur de ce conflit. La mort d’Eudes en 1349 amène son petit-fils Philippe de Rouvres (1349-1361) enfant maladif à la succession de cet immense territoire.

Cette même année, Humbert II ruiné, vend le Dauphiné au roi de France. Jean de Chalon-Arlay se sent lésé et se considère l’héritier de cette principauté. Toutefois il donne son accord et signe cette transaction en renonçant à ses droits.

.Philippe de Rouvres (1349-1361), duc et comte palatin de Bourgogne de 1349 à 1361

C’est sa mère Jeanne de Boulogne qui exerce la régence. En 1350, Jeanne de Boulogne se remarie avec Jean, fils du roi de France Philippe VI et de Jeanne de Bourgogne, la sœur d’Eudes IV. Jean prend le titre de régent de Bourgogne.

La même année, Jean devient Jean II roi de France, et gouverne le duché et le comté de Bourgogne. Jean II prévoit que Philippe de Rouvres mourra jeune et envisage de mettre la main sur ses domaines. 

.Charles IV de Luxembourg (1316-1378) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1346 à 1378, comte de Luxembourg de 1347 à 1352, roi de Bohême de 1346 à 1378, roi d'Italie de 1355 à 1378, roi de Bourgogne-Provence de 1347 à 1378, empereur de 1355 à 1378 

En 1356, à Poitiers, le roi Jean II est fait prisonnier et emmené en Angleterre. Jeanne de Boulogne assure la régence du royaume. En 1357, le mariage de Philippe de Rouvres avec sa cousine Marguerite de Flandre, fille du comte de Flandre, de Nevers et de Rethel, Louis II de Mâle (1346-1382) est conclu.  Philippe meurt en 1361. Avec lui s’éteint la dynastie des ducs de Bourgogne issus d’Hugues Capet.  Sa disparition amène une séparation temporaire du duché et du comté.

Maison de Valois-Bourgogne

.Marguerite I^re (1309- 1382), comtesse palatine de Bourgogne et  comtesse d'Artois de 1361 à 1382.

Fille cadette du roi Philippe V le Long et de la comtesse Jeanne II de Bourgogne et d'Artois. En 1320, elle épouse le comte Louis Ier de Flandre.

Marguerite hérite en 1361 du mari de sa petite fille, le duc Philippe Ier de Bourgogne,  les titres des comtés de Bourgogne et d'Artois. Le roi de France Jean II le Bon déclare que le duché lui revient à titre héréditaire et fait son entrée  dans la capitale du duché le 23 décembre 1361. Dans le comté (Franche-Comté), Marguerite se heurte à un prétendant au titre de comte palatin, il s’agit de Jean II de Chalon-Arlay, sire de Montaigu, arrière-petit-fils du comte Hugues de Chalon. Il s’empare d'Apremont, de Gray et de Jussey, mais il est battu et doit renoncer à ses prétentions.

Jean II de Chalon-Arlay meurt en 1362. Marguerite hérite d’une province qui vient d’être frappée par la peste ; à ces difficultés s’ajoute la convoitise du roi Jean II. En 1363, avant de retourner prisonnier en Angleterre, il concède en apanage le duché de Bourgogne à son quatrième fils, Philippe, le duc de Bourgogne Philippe II  surnommé le Hardi depuis la bataille de Poitiers, avec le titre de premier pair du royaume. Philippe lorgne sur le comté; il a l’appui de quelques nobles comtois, Henri et Jean de Vienne et Jean et Louis de Chalon-Auxerre.

Il enrôle « les Routiers », qui avaient été licenciés après le traité de Brétigny en 1360, regroupés en grandes compagnies qui sévissent dans son duché et les envoie ravager le comté. La comtesse fait appel aux nobles comtois qui sous la direction de Henri de Montfaucon, comte de Montbéliard, se liguent contre les Routiers. Hugues et Louis de Chalon-Arlay, Etienne et Jean de Montfaucon, Philippe de Vienne et Thiébaud VII de Neufchâtel apportent leur soutien au comte de Montbéliard. De fin décembre 1363 à février 1364, les combats sont nombreux à la limite des deux provinces.  Le 6 novembre 1364, le duc de Bourgogne Philippe II fait son entrée solennelle à Dijon, accompagné du duc d'Anjou son frère, de l’évêque d'Autun, et de toute la noblesse du duché de Bourgogne.

Cette même année 1364, Hugues II de Chalon-Arlay (1362-1388) obtient de l’empereur Charles IV, le titre de vicaire impérial pour le royaume de Bourgogne et les droits que l’empire possède sur Besançon. La puissance de la famille des Chalon est au maximum.

Début mars 1364, le duc quitte le Comté et emmène une grande partie des Routiers combattent le roi de Navarre qui s’est révolté contre le roi Charles V, frère de Philippe. Marguerite tente une médiation avec le roi, mais insatisfaite des termes du contrat, elle reprend le combat.

Henri de Montbéliard convoque à Arbois le 09 juin, une assemblée des nobles qui décide de reprendre la lutte. L’invasion du duché se prépare, mais de l’autre côté de la Saône, le seigneur de Sombernon, gouverneur de la Bourgogne, rassemble des hommes, bientôt rejoint par les troupes venant de Champagne sur l’ordre du roi. Les armées ducales sont plus nombreuses, Henri évite la bataille. Pendant ce temps, les négociations continuent à la cour de France, et le 25 juillet le traité de paix est signé. Il est accepté par les barons comtois au mois d’août et septembre. La guerre est terminée, Marguerite triomphe.

En 1366, le mot de «Franche-Comté» apparaît pour la première fois pour nommer le comté de Bourgogne. Cette année 1366, l’amiral Jean de Vienne bat près de Chambornay les Routiers qui ravagent la Franche-Comté et la Bourgogne. Tristan de Chalon-Auxerre, sire de Châtelbelin et de Rochefort, combat les Routiers qui se sont basés près de Chalon-sur-Saône. La victoire n’est pas décisive, il faut de l’argent pour les obliger à quitter la province ; c’est le connétable Bertrand du Guesclin qui négocie à Chagny la somme de 200 000 livres avec les mercenaires en les envoyant combattre en Espagne.

.Venceslas II (1361-1419), duc de Luxembourg de 1383 à 1388 empereur (Venceslas Ier) de 1378 à 1400 (destitué)

Fils de l’empereur Charles IV.

Maison de Valois-Bourgogne

.Louis II de Flandre dit Louis de Mâle, (1330-1384), comte palatin de Bourgogne de 1382 à 1384, comte de Flandre, de Nevers et de Rethel de  1346 à1384, duc de Brabant (1356), comte d'Artois de  1382 à 1384

Fils du comte Louis Ier et de la comtesse de Bourgogne et d'Artois  Marguerite I^re. .

.Marguerite III de Flandre  (1350-1405), comtesse palatine de Bourgogne de 1384 à 1405, duchesse de Bourgogne de 1357 à 1361

Petite-fille de Marguerite Ier,  appelée aussi Marguerite de Dampierre, héritière des comtés de Flandre, Nevers, Rethel, Brabant, Limbourg.

En 1357, à l'âge de sept ans, elle épouse en premières noces Philippe de Rouvres (1346-1361). Veuve en 1361, à l'âge de onze ans, Marguerite devient duchesse douairière de Bourgogne (1361-1369).

En juin 1369, à 19 ans, elle épouse en secondes noces  Philippe II de Bourgogne. 

.Robert Ier de   Bavière (1352-1410) comte palatin du Rhin (Rupert III) de 1398 à 1410, roi de Francie Orientale (Germanie) de 1398 à 1410 , empereur non couronné de 1401 à 1410 

.Philippe IV (1342-1404), comte palatin de Bourgogne de 1383 à 1404, duc de Bourgogne (Philippe III le Hardi) de 1364 à 1404,

A la mort en 1384 de son père Louis II de Flandre, Marguerite de Dampierre hérite des deux titres de comtesse de Bourgogne et d'Artois. Son époux  devient  ainsi par son mariage : comte de Bourgogne (1384-1404) et comte d'Artois (1384-1404) et  donc vassal pour son comté de Bourgogne de l’empereur Charles IV de Luxembourg. Avec ses cinq comtés et le duché de Bourgogne, Philippe le Hardi devient le prince le plus puissant de la chrétienté.

Philippe rétablit l’atelier monétaire d'Auxonne, en terre d’empire, et frappe sa propre monnaie pour montrer son signe d’indépendance vis à vis du royaume de France. Philippe est tuteur du roi mineur Charles VI et régent de France ; il souhaite une alliance avec le duché de Bavière et lui fait épouser le 17 juillet 1385, Isabeau de Bavière, fille d’Etienne III, duc de Bavière et de Thadée Visconti, fille du duc de Milan.

Cette même année 1385, Philippe marie à Cambrai son fils Jean de Nevers à Marguerite de Bavière; et sa fille Marguerite de Bourgogne à Guillaume de Bavière, les deux enfants d’Albert de Bavière. Philippe s’offre ainsi des perspectives d’expansion avec le mariage de ses deux enfants avec ceux de la famille des Wittelsbach de Bavière.

En 1386, une Chambre du conseil et des comptes est instaurée et réside à Lille. Philippe fixe le siège du Parlement comtois à Dôle, qui avec sa Chambre de justice, juge en appel, consacre le pouvoir de la bourgeoisie toute dévouée au duc comte. Le duc met également en place une Chambre du conseil et des comptes à Dijon pour la Bourgogne.

En 1390, Philippe le Hardi achète le comté de Charolais pour 60 000 écus d’or à Bernard VII d'Armagnac, avec l’argent de la dot de sa bru Marguerite de Bavière, l’expansion bourguignonne continue. C’est le retour, dans la Maison de Bourgogne, de ces terres qui faisaient parties du comté de Chalon-sur-Saône depuis le X^ème siècle, mais avaient été intégrées dans le duché au XIII^ème siècle. En 1392, Philippe continue sa politique d’alliance matrimoniale, en mariant sa fille Catherine avec le futur duc d’Autriche, Léopold IV de Habsbourg. En 1398, l’empereur Wenceslas de Luxembourg accorde des privilèges aux Bisontins.

L’indépendance de la Commune de Besançon n’a jamais été aussi grande. En 1401, Philippe le Hardi marie sa fille Marie de Bourgogne avec le comte de Savoie Amédée VIII. L’année suivante, Philippe est en Flandre pour marier son fils Antoine, avec Jeanne de Luxembourg, la fille et héritière du comte de Ligny et de Saint-Pol, Waleran de Luxembourg. Le duc et la duchesse accordent le comté de Rethel à Antoine. En 1404, le duc de Bourgogne se rend en Flandre pour faire reconnaître son fils Antoine, comme l’héritier par sa mère, des duchés de Brabant et de Limbourg, au décès de la duchesse Jeanne de Brabant, tante de sa mère. À Bruxelles, il attrape la peste, qui l’emporte en quelques jours.

Marguerite décède en 1405, une année après son époux. 

.Jean Ier dit Jean sans peur (1371-1419), comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne, comte d’Artois et de Flandre de 1405 à 1419,

Fils de Philippe II le Hardi ; il épouse Marguerite de Bavière, fille du duc de Bavière-Straubing, comte de Hainaut, de Hollande et de Zélande, seigneur de Frise ce qui resserre considérablement ses liens avec l’empire.

Jean sans Peur prête hommage au roi Charles VI le 23 mai 1404 pour son duché de Bourgogne et fait son entrée à Dijon le 17 juin 1404. Le 21 mars 1405, c'est sa mère qui meurt et, après l'hommage rendu le 26 août 1405, il prend possession des comtés de Flandre, d'Artois et de Bourgogne.

Jean se présente à Paris le 19 août, avec huit cents chevaliers ; le duc d'Orléans s’enfuit avec la reine et le dauphin. Jean rattrape le dauphin et le ramène à Paris. Le duc d’Orléans réunit ses hommes et marche sur Paris, la guerre civile est imminente. Le 26 aout il rend hommage au roi pour son duché de Bourgogne ; Jean sans Peur s’allie aux Parisiens, mais sous la médiation de leur oncle, le duc de Berry, les deux princes se réconcilient. Pendant ce temps, les Anglais poursuivent l’occupation de la France, ils sont en Guyenne, en Artois et en Picardie. 

La folie du roi Charles VI entraîne la création d'un conseil de régence présidé par la reine Isabeau de Bavière et où s'opposent de façon irréductible le frère de Charles VI : Louis d'Orléans et  Jean sans Peur.

En Franche-Comté, la Commune de Besançon souhaite devenir la capitale du comté et offre au duc la régalie de la ville. Jean accepte cette proposition en octobre 1407. 

Le 23 novembre 1407, il fait assassiner son cousin Louis pour, selon ses dires « soulager la France de ce tyran », ce qui lui vaut d’être exclu du Conseil de Régence et l’oblige à se réfugier dans ses terres de Flandre, où il fait rédiger un texte justifiant son acte.

En février 1408, l’empereur Wenceslas ratifie la décision de faire de Besançon la capitale du comté de Bourgogne.

Jean vient justifier devant le roi Charles VI l’assassinat de Louis d’Orléans, et en mars 1408, par décision royale son crime est absout.

Le 23 septembre 1408, Jean sans Peur écrase les Liégeois à la bataille d'Othée, obtient l'alliance des duchés de Luxembourg et de Lorraine. En novembre 1408, il fait une entrée triomphante dans Paris après sa victoire sur les bourgeois liégeois qui se sont soulevés contre son beau-frère l’évêque de Liège Jean de Bavière. La reine et les princes s’enfuient de la ville avec le roi.

Tout rentre dans l’ordre lors du traité de Chartres en 1409, où le roi de France et les enfants de Louis d'Orléans accordent le pardon au duc de Bourgogne, et celui-ci obtient le pouvoir total du gouvernement, mais le conflit entre la famille de Bourgogne et celle d'Orléans reste latent.

De son côté, l’archevêque de Besançon, Thiébaud de Rougemont n'a pas accepté de se laisser déposséder de son droit sur la ville de Besançon par les Bourgeois. Il en appelle au pape et jette l’interdit sur la ville. Jean sans Peur ne désire pas se heurter avec l’autorité ecclésiastique et en mai 1409 il revient en partie sur sa promesse en transférant à Besançon uniquement la chambre des comptes et du conseil, mais pas le Parlement et la chancellerie qui demeurent à Dôle.   

Jean sans Peur a comme allié le duc Charles II de Lorraine qui est son représentant au Concile de Constance en 1414 ou celui-ci accompagne l’empereur Sigismond de Luxembourg. Allié à la reine Isabeau de Bavière, il s'empare de l'autorité royale et reçoit en novembre 1411 la mission de chasser les Armagnacs, mais la Paix d'Arras du 4 septembre 1414  l'écarte du gouvernement.

En 1416, profitant de la mort du duc Jean Ier de Berry, Jean sans peur s’empare du comté de Boulogne au détriment de la veuve, Jeanne d’Auvergne. Le 29 avril 1417, à Constance, il fait alliance avec l’empereur Sigismond de Luxembourg.

En avril 1410, le fils de Louis d'Orléans, Charles, épouse Bonne, la fille du comte d'Armagnac Bernard VII, et la lutte s’engage entre Bourguignons et Armagnacs. Le parti Armagnac composé des ducs d'Orléans, de Berry, de Bourbon, de Bretagne et des comtes d'Armagnac, de Clermont et d'Alençon, prend les armes dans l’été, mais une nouvelle fois, un accord est trouvé et signé.

En janvier 1411, Jean sans Peur s’empare du comté de Tonnerre, possession de Louis de Chalon, qui s’est rallié aux Armagnacs. La guerre civile éclate dans l’été. Jean fait appel aux Lorrains, aux Brabançons, aux Allemands et aux Parisiens, et notamment à la corporation des Bouchers.

Un accord entre le duc et l’archevêque conduit ce dernier à lever l’interdit sur la ville en 1412.

Jean sans Peur s’empare de Paris, mais la ville est reprise en 1413 par le comte d’Armagnac.

Au printemps 1414, le roi et les Armagnacs, forts d’une armée de deux cent-mille hommes, se mettent en route, et se lancent contre Jean, ce dernier s’enferme dans Arras, secondé notamment par Jean de la Trémoille et Jean de Neufchâtel. Ils soutiennent le siège. Après plus d’un mois de siège, et grâce la médiation du duc de Brabant et du dauphin, un traité est signé, qui interdit à Jean de revenir auprès du roi ou du dauphin sans leur accord express. En 1415, Henri V roi d'Angleterre réclame la couronne de France, la guerre s’accentue entre les deux pays. Henri V débarque avec vingt-six mille hommes. C’est la bataille d'Azincourt et la défaite des français.

En 1416, le dauphin meurt, il est remplacé par son jeune frère Charles.

Les Armagnacs considèrent la reine Isabeau de Bavière comme suspecte à leur cause et l'écartent du pouvoir. En 1417, Jean sans Peur libère la reine Isabelle de sa résidence de Tours et l’installe à Troyes. Pendant ce temps, un complot à Paris contre le connétable réussit avec le concours des partisans du duc de Bourgogne. Les massacres d'Armagnacs sont nombreux, presque trois mille personnes. Une épidémie survient et provoque la mort de cinquante mille personnes, dont le prince d'Orange Jean III de Chalon-Arlay, qui a accompagné en fidèle vassal le duc de Bourgogne. Jean et Isabelle font leur entrée dans Paris et rétablissent le calme.

Guillaume IV de Wittelsbach héritier depuis 1404 de son père Albert Ier, duc de Bavière-Straubing, comte de Hainaut, de Hollande et de Zélande est l’époux de Marguerite, la sœur de Jean sans Peur. Il intervient au côté des Bourguignons dans la guerre entre Armagnacs et Bourgignons. A son, en 1417, sa fille unique Jacqueline hérite à son tour des comtés flamands.

Pendant ce temps le roi d’Angleterre Henri V poursuit son avancée en France et en 1419, annexe la Normandie; il s’avance sur Paris. La Cour de France sous la conduite du duc part pour Troyes.

Des rapprochements ont lieu entre le dauphin Charles, le futur Charles VII, et Jean sans Peur, pour lutter contre les Anglais; mais l’assassinat du duc lors de sa rencontre avec le dauphin, en septembre 1419, sur le pont à Montereau sur Yonne fait échouer l’alliance franco-bourguignonne. Ce crime est la vengeance de la mort du duc d'Orléans intervenue douze ans plus tôt.

.Philippe V de Bourgogne, comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne (Philippe le III le Bon), comte d'Artois de 1419 à 1467

Fils unique de Jean sans Peur.

Il succède à son père, et se rapproche d’Henri V d'Angleterre, tandis que le dauphin se retire au-delà de la Loire.

Par le traité de Troyes en 1420, Henri V se fait reconnaître l’héritier de Charles VI. Il fait son entrée dans Paris accompagné de Philippe le Bon et de Charles VI. Cette même année, les Armagnacs venus du Lyonnais reprennent le Mâconnais.

Le 14 juin 1421, Louis de Chalon-Arlay (1418-1463), prince d'Orange, obtient de l’empereur le titre de vicaire impérial pour tout l’ancien royaume de Bourgogne.

En 1422, le roi d’Angleterre Henri V meurt à Vincennes ; son fils Henri n’a que huit mois et c’est l’oncle de ce dernier, le duc de Bedford Jean, qui assure la tutelle en France. Charles VI meurt. Le duc de Bedford proclame son neveu Henri VI : roi de France et d’Angleterre. Le dauphin Charles est lui aussi proclamé roi de France par ses partisans à Poitiers, sous le nom de Charles VII.

La guerre est terrible entre les anglo-bourguignons et les fidèles de Charles VII. Les défaites en 1423/1424 de Cravant et Verneuil laissent Charles VII et ses armées au-delà de la Loire.

Entre 1421 et 1428, le duc de Bourgogne Philippe le Bon est occupé à lutter contre sa cousine germaine, la comtesse de Hainaut, de Hollande, de Zélande et de Frise, Jacqueline de Bavière. Cette femme cruelle qui a épousé contre son gré son cousin, le duc de Brabant Jean, a fait assassiner les fidèles amis de son mari; en représailles celui-ci bannit les dames d’honneur de son épouse. Elle se réfugie en Angleterre, obtient le divorce et épouse le duc de Gloucester Humphrey, frère du duc de Bedford. Le pape casse ce mariage. Elle retourne dans ses terres, mais elle est faite prisonnière et remise aux mains du duc de Bourgogne. Elle est obligée de reconnaître son cousin Philippe comme l’héritier de ses quatre comtés.

En 1429, Philippe rachète pour 132 000 écus le comté de Namur à son dernier seigneur. 1429 est l’année d’arrivée de Jeanne d'Arc sur la scène de l’Histoire de France.

En mai 1429, le duc Philippe III de Bourgogne se décide à mener une guerre totale contre le Dauphin. Il laisse son vassal, le prince d'Orange, Louis de Chalon-Arlay se lancer à la conquête du Dauphiné. Louis est intéressé à titre personnel, car il souhaite réunir ses terres de sa principauté avec ses domaines dans le comté de Bourgogne. Le 11 juin, les troupes de Louis se heurtent aux troupes dauphinoises à Anthon mais celle-ci mettent en pièce leur agresseur. La conquête du Dauphiné est abandonnée.

Le 17 juillet 1429, Charles VII est couronné dans la cathédrale de Reims, après que l’armée de Jeanne d’Arc eue traversé les villes de Gien, d'Auxerre, de Saint-Florentin et de Troyes sur son passage.

Les Bourguignons sont plus chanceux dans le conflit qui les oppose aux Lorrains. Philippe se mêle de la guerre de succession sur le duché de Lorraine en choisissant le parti d’Antoine de Vaudémont contre celui de René d’Anjou.

À la mort de ses deux cousins Jean en 1427 et Philippe en 1430, les deux fils de son oncle Antoine, Philippe le Bon hérite des duchés de Brabant et de Limbourg.

Le 2 juillet 1431, les troupes bourguignonnes conduites par le maréchal Jean de Vergy battent celles du duc de Lorraine René d’Anjou et capturent celui-ci ainsi que de nombreux chevaliers. René est emmené en captivité à Dijon puis à Salins et reste six ans dans les geôles bourguignonnes avant de retrouver la liberté en contrepartie de la livraison de quatre châteaux à Philippe le Bon. En représailles de cette captivité, les troupes du duc Louis III d'Anjou, frère du duc René, envahissent la principauté d'Orange et y restent jusqu’à la libération du captif

À partir de 1431, Philippe le Bon commence de s’éloigner de plus en plus des Anglais. La même année, Jeanne d'Arc est condamnée à mort et brûlée vive.

En 1432, un complot contre le duc de Bourgogne est découvert, parmi les conspirateurs Jean de la Trémoille, grand chambellan. Les traitres se réfugient à la cour de France, commanditaire de ces agissements.

Cette même année 1432, les Armagnacs s’emparent de nouveau de la forteresse de Solutré qui garde Mâcon. Une bande favorable à Charles VII s’empare d'Avallon en décembre.

En 1433, le duc de Bedford épouse la fille du Comte de Saint-Pol, vassal de Philippe, sans lui demander son aval, ce qui provoque une distension encore plus grande entre Bourguignons et Anglais. Philippe vient libérer en octobre Avallon. Cette même année 1433, Philippe parvient à faire abdiquer sa cousine Jacqueline en sa faveur et récupère les comtés flamands.

.Sigismond de Luxembourg (1368-1437) roi de Hongrie de 1387 à 1437, roi de Francie Orientale (Germanie) de 1411 à 1437, duc de Luxembourg de 1419 à 1433, roi de Bohême de 1419 à 1437, empereur de 1433 à 1437  

En 1434, le duc de Bourbon, allié du roi de France, envahit la Bourgogne, Philippe se met en route avec son armée et attaque à son tour les états du duc de Bourbon. La médiation du duc de Savoie arrête le conflit. Dans l’acte signé par les deux parties, Philippe obtient la destruction totale de la forteresse de la Roche de Solutré. En 1435, au congrès d'Arras, Philippe le Bon fait la paix avec le roi de France Charles VII, il obtient les comtés de Mâcon, d'Auxerre et les villes de la Somme, mais également l’exemption de toute vassalité sa vie durant avec dispense de lui prêter hommage pour le duché de Bourgogne se rendant donc totalement indépendant du roi de France. Philippe III se fait alors appeler grand-duc d’Occident.

.Frédéric III de Habsbourg (1415-1493) duc d’Autriche (Frédéric V) de 1457 à 1493,roi de Francie Orientale (Germanie) de 144o à 1486, roi des Romains en 1440 puis empereur de 1452 à 1493, roi d'Italie de 1452 à 1493 

En octobre 1442, Philippe le Bon rencontre l’empereur Frédéric III de Habsbourg à Besançon. Le duc, l’archevêque et la Commune en profitent pour faire confirmer leurs droits respectifs mais sans aucun changement sur leurs désaccords.

En 1443, la duchesse de Luxembourg Élisabeth de Gorlitz, la tante de Philippe, puisqu’elle est la veuve d’Antoine de Brabant, vient trouver son neveu, car les troupes du duc de Saxe envahissent son duché. Philippe accepte d’aider la duchesse et se fait remettre par un accord le duché, et en deux mois ses troupes récupèrent les terres luxembourgeoises.

En 1444, le reste des « Écorcheurs » revenant de Suisse où ils avaient été emmenés par le dauphin Louis, à la demande de l’empereur Frédéric III, ravage Lure, Luxeuil, Faucogney, Faverney et la campagne dijonnaise. Le 28 octobre 1444 est signé à Einsisheim entre les huit cantons, la ville de Bâle et  le Dauphin un  traité  qui stipule qu'il aura " Bonne et perpétuelle amitié entre la France et la Confédération suisse".

Cette signature intervient après le drame de Saint Jacques sur la Birse. C'est le courage des suisses et leur supériorité en nombre qui forcent l'admiration du Dauphin et du Roi de France et les pousse à leur offrir malgré leur défaite la paix. Ils combattent dans une guerre territoriale contre le roi de France allié à  l'empereur.

L’année suivante les nobles comtois lèvent une armée qui sous le commandement du maréchal de Bourgogne, Thiébaud de Neufchâtel, extermine une moitié  des écorcheurs  à Altkirch. Mais ces bandits soutenus secrètement par le roi de France continuent leurs terribles méfaits. Une seconde armée et l’argent mettent fin à leur existence.

En 1456, le dauphin Louis le futur Louis XI, fâché avec son père, se réfugie chez le duc de Bourgogne qui l’installe dans le Brabant. Il reste là-bas jusqu’à la mort de son père.

C’est Philippe qui couronne Louis XI à Reims en août 1461 qui succède à son père Charles VII. La reconnaissance est un sentiment inconnu à Louis et il cherche à affaiblir le duc de Bourgogne. Il commence par brouiller le fils Charles le futur Téméraire, comte de Charolais, avec son père; Charles qui a été pendant cinq ans son ami et son compagnon de jeu ; et dans le même temps il parvient à détacher les Suisses du service bourguignon.

En 1463, Louis XI rachète à Philippe pour 400 000 écus les villes de la Somme (Amiens, Abbeville et Saint-Quentin). Charles se sent spolié et fait des reproches à son père. En 1465, Charles, comte de Charolais, annonce qu’il prend la tête de la ligue des princes français (les ducs de Berry, de Bourbon, de Bretagne, de Calabre, de Nemours et les comtes d'Armagnac, de Dunois, de Saint-Pol) contre le roi de France.

.Charles le Téméraire (1433-1477), comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne, comte d’ Artois de 1467 à 1477,

Fils du précèdent.

.Marie de Bourgogne (1457-1482), comtesse palatine de Bourgogne de 1477 à 1482

Fille unique de Charles le Téméraire. Elle épouse Maximilien de Habsbourg. Marie meurt en 1482

Maison de Habsbourg-Bourgogne 

.Maximilien I^er de Habsbourg  (1459-1519), comte palatin de Bourgogne et duc titré de Bourgogne de 1477 à 1482 avec son épouse Marie de Bourgogne, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut, archiduc d’Autriche de 1493 à 1519, empereur de 1493 à 1519

L'empereur Maximilien arrête définitivement à dix le nombre des Cercles/Kreis  impériaux. Le comté de Bourgogne est rattaché au Cercle de Bourgogne.

.Philippe VI (1478-1506) dit Philippe le Beau, comte palatin de Bourgogne, duc titré de Bourgogne (Philippe IV), comte d’Artois, de Flandre et de Hainaut de 1482 à 1506, duc de Brabant, de Limbourg, de Luxembourg, de Gueldre, comte de Hollande, de Zélande, de Zutphen, roi de Castille et de Léon en 1506 

Fils de Maximilien et de Marie de Bourgogne. Frère de Marguerite. 

Au cours des années 1479-1480, le roi Louis XI fait dévaster le comté de Bourgogne par ses armées. Le 23 décembre 1482, Maximilien de Habsbourg doit signer le Traité d’Arras par lequel il doit marier Marguerite au roi Louis XI et lui apporter en dot le comté d’Artois et le comté de Bourgogne.  Le mariage est célébré à Amboise le 23 juin 1483 mais deux mois plus tard, Louis XI meurt et Marguerite devient reine de France. Elle reste à Amboise pendant huit ans sous la tutelle d’Anne de Beaujeu ; mais le roi Charles VIII décide en définitive de la répudier pour épouser  le 6 décembre 1491 la duchesse Anne de Bretagne. 

Par le traité de Senlis du 23 mai 1493, l’Artois et le comté de Bourgogne sont restitués à Maximilien ainsi qu'à sa fille Marguerite qu’il marie cette fois le 3 avril 1497 à Burgos  à Don Juan, prince de Castille lequel meurt six mois après.

L’empereur Frédéric III meurt le 19 aout 1493, son fils Maximilien devient empereur et nomme son fils Philippe le Beau  comte de Bourgogne.

Philippe le Beau épouse Jeanne la Folle, fille du roi de Castille, le 22 octobre 1496. De cette union nait le 24 février 1500, Charles le futur empereur Charles Quint. Son père Maximilien fait alors épouser en troisièmes noces à sa sœur Marguerite (1480-1530) le duc de Savoie Philibert ; le mariage par procuration a lieu à Salins ou son mari est représenté par René le bâtard de Savoie et c’est au prieuré de Romainmotier qu’il est célébré cette fois en présence de son mari le 2 décembre 1501. Malheureusement moins de trois ans plus tard le 10 septembre 1504, Philibert décède au château de Pont d’Ain  et en son souvenir Marguerite fait édifier l’église et le monastère de Brou, alors en terre savoyarde et donc d’empire. Marguerite est donc duchesse de Savoie et gouvernante du cercle de Bourgogne. Maximilien décide de lui confier le 29 octobre 1506 la régence des Pays-Bas pendant la minorité de Charles, son neveu, le futur Charles Quint devenu comte de Bourgogne cette même année. C’est donc elle qui règne sur le comté de Bourgogne. Elle le fait depuis Bruxelles ou se trouve les grands conseils ( conseils d’état, conseil privé, conseil des finances ) mais c’est à Malines que se trouve la Cour Suprême de Justice, et à Lille la Cour des Comptes transférée de Dôle) ; seul réside dans le comté le lieutenant-gouverneur (militaire) dont la charge est assurée par Jean de Chalon ( 1477-1502) puis par Philibert de Chalon  ( 1502-1530).

En 1511 l’empereur Maximilien conclut un traité avec la confédération suisse (indépendante de fait depuis 1499 mais qui de droit fait toujours partie de l’empire) dirigé contre le roi Louis  XI. 

A la diète de Cologne en 1512, Maximilien obtient la division de l’empire administrativement en dix cercles dont celui de Bourgogne qui comprend les Pays Bas (actuels Belgique, Pays-Bas et Luxembourg) et le comté de Bourgogne.

En 1513, l’armée impériale et les suisses des 12 cantons  Zurich, Berne, Lucerne, Fribourg, Schwitz, Unterwald, Uri, Zoug, Schaffhouse, Soleure, Appenzell et Bâle qui comptent 50 000 hommes traversent le comté en passant par Besançon pour aller envahir le duché de Bourgogne et assiéger Dijon.

Avec à leur tête une nombreuse cavalerie d’allemands et de lansquenets se trouvent le comte de Sorne et d’autres comtes notamment celui de Wurtemberg-Montbéliard sous le commandement du Maréchal de Bourgogne, lieutenant de l’empereur et général en chef. 

.Charles II de Habsbourg (1500-1558), comte palatin de Bourgogne, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut de 1506 à 1556, duc titré de Bourgogne de 1515 à 1555, roi d’Espagne (Charles I^er) de 1516 à 1556, roi de Naples et de Sicile de 1516 à 1556, empereur (Charles V dit Charles Quint) de 1519 à 1556

Fils du roi Philippe I^er de Castille dit le Beau et de Jeanne la Folle, Charles est par sa mère le petit-fils de Ferdinand V de Castille et d’Isabelle I^re la Catholique, et par son père, le petit-fils de l’empereur Maximilien I^er de Habsbourg et donc on l’oublie trop souvent l’arrière-petit-fils de Charles le Téméraire (duc de Bourgogne sous le nom de Charles I)

Charles est émancipé à 15 ans donc en 1515. Il ne vient pas dans son comté de Bourgogne. En 1519, Il devient empereur sous le nom de Charles Quint (cinquième du nom en comptant Charlemagne comme Charles Ier) ; en 1522, il cède à son frère puiné Ferdinand ses Etats héréditaires autrichiens ce qui provoque la division de la Maison de Habsbourg en Habsbourg d’Autriche et Habsbourg d’Espagne et des Pays Bas, qui se poursuit avec Philippe II le fils de Charles Quint. Le comté relève donc ensuite  de la souveraineté de la branche espagnole des Habsbourg tout en continuant de faire partie de l’empire à la différence de l’Espagne qui n’y est pas intégrée.

Sa tante Marguerite d’Autriche, veuve du duc Philibert le Beau de Savoie,  duchesse de Savoie,  continue d’être  la gouvernante du Cercle de Bourgogne donc du comté de Bourgogne jusqu’à sa mort en 1530 ; lui succède comme gouvernante Marie de Hongrie (1505-1558) la sœur de Charles Quint. Marie de Hongrie reste gouvernante des Pays-Bas-Comté de Bourgogne jusqu’en 1555.

.Philippe VII  de Habsbourg (1527-1598), comte palatin de Bourgogne, duc titré de Bourgogne, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut, de Luxembourg de 1555 à 1598, roi d’Espagne de 1556 à 1598 (Philippe II), roi de Portugal (Philippe Ier)  1580 à 1598

Fils de Charles Quint  et d’Isabelle de Portugal.

L’année 1555, Philippe II, le fils de Charles Quint, devient souverain des Pays Bas avec la Franche Comté puis roi d’Espagne quand Charles abdique en 1556. Il souligne l’attachement et la fidélité des comtois.

Charles Quint abdique en 1556 et partage ses possessions entre son fils Philippe le Beau et son frère Ferdinand. Les Etats Bourguignons sont attribués à Philippe le Beau mais restent partie de l’empire dont Ferdinand devient l’empereur.

C’est alors au duc Emmanuel-Philibert de Savoie (1528-1580) qu’est confiée la gouvernance des Pays- Bas et donc du comté de Bourgogne en 1556. Son règne constitue l’âge d’or du comté de Bourgogne (Franche Comté). Les nobles de Franche Comté font partie intégrante de l’élite de l’armée impériale. Emmanuel-Philibert, dépouillé de son duché par François Ier en 1544, devenu général des armées impériales, remporte contre les français la bataille de Saint Quentin  en 1557.

.Ferdinand Ier de Habsbourg (1503-1564) archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1531 à 1564 ,roi de Bohême de 1526 à 1564,empereur de 1556 à 1564  

Frère cadet de Charles Quint .

Charles Quint meurt en 1558.

Le duc de Savoie Emmanuel-Philibert gouverne les Pays-Bas en son nom et donc le comté jusqu’en 1559, année de signature de la paix de Cateau-Cambrésis à la suite de laquelle il épouse Marguerite de France la sœur de François Ier et obtient du roi Henri II la restitution de la Bresse, du Bugey, et du Valromey occupées  par laq France.

Après le traité du Cateau-Cambrésis en 1559, Philippe II quitte les Pays-Bas pour ne jamais y revenir. Marguerite de Parme, fille naturelle de Charles Quint lui succède au gouvernorat des Pays-Bas et du comté  puis son fils Alexandre Farnese.

.Maximilien II de Habsbourg (1527-1576), archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1564 à 1576, roi des Romains  le 30 novembre 1562.roi de Bohême ,de 1564 à 1576, roi de Hongrie de 1564 à 1576, empereur de 1564 à 1576

.Rodolphe II de Habsbourg (1552-1612)  archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1576 à 1612, empereur de 1576  à 1612, roi de Hongrie et de Croatie de 1608 à 1612, roi de Bohême. de 1576 à 1612,

Fils de Maximilien II. 

Philippe II a été élevé en Espagne, il connaît le français et les réalités de l'héritage Bourguignon mais culturellement il ne comprend pas ses sujets des Pays-Bas. Une fronde apparaît en 1566 et 1567 et la violence avec laquelle Philippe II la soumet met un terme à l'amitié que les Pays-Bas lui portaient. Il s'ensuit une guerre terrible (la guerre de Quatre-Vingts Ans) à la fin de laquelle la partie nord, protestante, proclame son indépendance en 1581 sous le nom de Provinces-Unies.

En 1595, le roi Henri IV déclare la guerre à Philippe II. Philippe II nomme Albert de Habsbourg d’Autriche, gouverneur des Pays-Bas (Albert est le cinquième fils de l'empereur Maximilien II envoyé à l'âge de 11 ans à la cour de Madrid où son oncle le roi Philippe II a veillé sur son éducation). Le souverain dirige d’abord Albert vers une carrière ecclésiastique et en 1577, le jeune homme est nommé cardinal, dignité ecclésiastique qui, à l'époque, n'oblige pas à entrer dans les Ordres; Albert ne sera jamais prêtre ni évêque.

Le roi d’Espagne envisage de faire d'Albert le primat d'Espagne en le nommant à l'archevêché de Tolède mais la longévité du titulaire amène le roi à tempérer ses ambitions pour son neveu. Il nomme celui-ci vice-roi et grand inquisiteur du Portugal et de son empire.

Bien que le traité de neutralité lui interdise d’attaquer ouvertement le comté de Bourgogne, le roi Henri IV le fait envahir par ses mercenaires d’Haussonville et Tremblecourt. Les campagnes sont ravagées mais la plupart des villes résistent : Dôle, Gray, Salins, Poligny, Arbois, Besançon tiennent bon. Philippe décide de secourir le comté mais Henri IV contre attaque. Les villes comtoises tombent. L’arrivée de l’armée du roi d’Espagne Philippe II force les troupes d’Henri à repasser la Saône. Le conflit prend fin avec la paix de Vervins signée le 2 mai 1598. Le traité de Vervins confirme notamment les clauses précédemment signées lors du traité de Cateau-Cambrésis entre le même Philippe II et le roi Henri II, en y ajoutant diverses clauses nouvelles. Aux termes de ce traité, l'Espagne restitue à la France le Vermandois, une partie de la Picardie, la ville de Calais et Le Blavet, tandis que la France rend à l'Espagne le Charolais et renonce à la suzeraineté sur la Flandre et l'Artois. 

En 1599, Albert épouse sa cousine, l'infante Isabelle d'Espagne, fille ainée de Philippe II d'Espagne, qui lui apporte en dot les Pays-Bas, dont ils deviennent les souverains. Ce sont eux qui règnent donc sur le comté de Bourgogne dont le titre de comte est porté par le demi-frère d’Isabelle, Philippe, comte palatin de Bourgogne et futur roi Philippe III.

.Albert de Habsbourg d’Autriche (1559 -1621) et Isabelle d’Habsbourg d’Espagne (1566-1633), Gouverneur des Pays Bas de 1595 à 1598, Archiduc souverain des Pays Bas  de 1599 à 1621, Archiduchesse souveraine des Pays  Bas Bourguignons  de 1599 à 1633

De 1598 à 1621, le jeune couple archiducal tente d'abord de consolider par la force l'autorité habsbourgeoise (siège d'Ostende) sur les Pays-Bas car le pays est déchiré par une guerre civile.

La paix établie, le couple, profondément catholique, va réformer la justice, développer l'économie, en suscitant des travaux d'intérêt public tels que l'assèchement des marécages à la frontière de l'actuelle Flandre orientale et de la France. Ils installent leur cour à Bruxelles. 

La mort d’Albert en 1621 met fin à cette période d’essor et de calme ; faute d’héritier, la souveraineté sur les Pays-Bas revient à l'Espagne, l'infante Isabelle étant désignée comme gouvernante générale.

.Philippe VIII de Habsbourg (1578-1621), comte palatin de Bourgogne et duc titré de Bourgogne sous le nom de Philippe de 1598 à 1621, duc de Lothier, de Brabant, de Gueldre, de Limbourg et de Luxembourg, comte de Flandre et d’Artois, de Hainaut, de Hollande, de Zélande, de Namur , de Zutphen, seigneur de Malines, de Frise et de Salin, roi d’Espagne (Philippe III) de 1598 à 1621,

Fils du roi  Philippe II d'Espagne et de sa quatrième épouse et nièce Anne d'Autriche, fille de l'empereur Maximilien II et de Marie d'Espagne.

Il meurt la même année qu’Albert, archiduc des Pays-Bas son beau-frère. 

.Matthias Ier de Habsbourg (1557-1619) archiduc d'Autriche , roi de Germanie de 1612 à 1619. roi de Bohême de 1611 à 1619, roi d Hongrie et de Croatie de 1608 à 1619, empereur de 1612 à 1619

Cinquième enfant de l'empereur Maximilien II.  

 .Ferdinand II de Habsbourg (1578-1637) archiduc d'Autriche, roi de Germanie de 1619 à 1637, roi de Bohême de 1617 à 1619, roi de Hongrie de 1618 à 1626, empereur de 1637 à 1657

Fils de l'archiduc Charles de Styrie et de Marie-Anne de Bavière. 

.Ferdinand III de Habsbourg (1608-1657), archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1637 à 1657, roi de Hongrie et de Bohême, empereur de 1637 à 1657.

Second fils du précèdent.

.Philippe IX de Habsbourg (1605-1665) comte palatin de Bourgogne et duc titré de Bourgogne de 1621 à 1665,  souverain des Pays-Bas bourguignons de 1633 à 1665, comte d’Artois, roi d’Espagne (Philippe IV) de 1621 à 1665

Fils du roi d'Espagne Philippe III.

Sous son règne, en 1636, Richelieu décide d’attaquer Dôle. Le Prince de Condé mène les troupes royales. Mais les 4000 défenseurs résistent aux 15 000 hommes de l’armée française. Finalement devant l’avancée d’une armée de secours, les français doivent se retirer après un siège de trois mois. Engagés par le roi de France, des mercenaires envahissent le comté par tous les côtés. Seuls Dôle, Gray, Salins et Besançon peuvent résister. Pillages, incendies, massacres se multiplient.

Après une dernière invasion française en 1644, des négociations s’ouvrent et aboutissent au traité de Westphalie en 1648 puis à la paix des Pyrénées en 1659 confirmant la suzeraineté des Habsbourg d’Espagne sur le comté.

Plus de 200 000 personnes soit environ la moitié de la population ont péri durant cette guerre.

Le roi d'Espagne Philippe IV de Habsbourg meurt en 1665.

.Léopold I^er de Habsbourg(1640-1705) archiduc d'Autriche, roi de Germanie  de 1657 à 1705, roi de Hongrie et roi de Bohême, empereur de 1658 à 1705 

Fils cadet de Ferdinand III de Habsbourg et de Marie-Anne d'Autriche, infante d'Espagne.

.Charles III de Habsbourg (1661-1700), comte palatin de Bourgogne  et duc titré de Bourgogne de  1665 à 1678, roi d’Espagne (Charles II)

Fils du roi Philippe IV.

Dès la mort de son père, Louis XIV, (à moitié Habsbourg par sa mère Anne d’Autriche (Habsbourg d’Autriche) revendique la Flandre et la Franche-Comté, au nom de son épouse Marie-Thérèse, fille du prince défunt. En 1667, il fait la conquête de la Flandre, puis durant l'hiver, il lance sur la Franche-Comté, sous la présidence du grand Condé, 1900 fantassins et 3000 cavaliers.

Le 2 mai, la paix est signée à Aix la Chapelle; la Flandre est cédée à la France, mais l'Espagne garde la Franche-Comté. Malgré ce traité, Louis XIV poursuit son idée de s’emparer de la Franche-Comté. En 1673, il rouvre les hostilités en lançant 24 000 hommes sur ses frontières. Comme en 1668, le roi d’Espagne  n’est pas en mesure de résister. La guerre est déclarée le 12 octobre. Une résistance populaire s’organise. Les armées royales franchissent la Saône le 12 février 1674. Gray se rend le 28. Vers le milieu de mars, c’est Lons le Saulnier qui doit se rendre à son tour. Le peuple résiste vaillamment. Néanmoins Besançon est prise le 23, Pontarlier le 2 juin, Salins et Dôle le 22 juin.

Jusqu’à la révolution, le peuple comtois gardera  un attachement inébranlable aux Habsbourg. Un certain nombre parmi les résistants les plus déterminés s’exilèrent.

Louis XIV place à la tête du comté de Bourgogne un intendant et transfère le parlement de Dôle à Besançon tout en lui enlevant ses pouvoirs politiques. Il entreprend une politique de séduction des nobles comtois en les attirant à sa Cour de Versailles.

Par le traité de Nimègue de 1678 qui signe la paix entre Charles II d’Espagne (Habsbourg) et Louis XIV  (également Habsbourg par sa mère Anne d’Autriche), le comté de Bourgogne ou Franche-Comté est rattaché définitivement au royaume de France. Besançon devient la capitale du comté à la place de Dôle et est doté d’un parlement.