Érigé au IIIème siècle, le diocèse de Besançon est élevé au rang d'archidiocèse métropolitain au IVème siècle.
L’histoire de cette ville ne peut se comprendre si on ne la rattache pas à la grande histoire de la Bourgogne qui, comme la Lorraine à l’origine, englobe une région plus vaste que les territoires actuels du même nom. Or cette grande histoire trouve son origine dans celle du Premier royaume Burgonde créé en 443 sur les terres assignées aux envahisseurs burgondes par le général romain Aetius constituées approximativement par :
.les territoires qui constitueront le duché de Bourgogne (Dijon) ;
.les territoires qui constitueront le comté de Bourgogne ou Franche-Comté ;
.ceux qui constitueront la partie occidentale de la Suisse à l’Ouest de l’Aar et de la Reuss.
En effet en 534, le roi franc Clovis bat les Burgondes et incorpore leur royaume à celui des Francs, il n’en reste pas moins que les Burgondes au nombre d’environ 80 000 ont pu représenter de 5 à 15 % des populations gallo-romaines des régions ou ils se sont établis avec lesquelles ils se sont fondus donnant à celles-ci un certain particularisme. Cinq comtés composent ce qui deviendra le comté de Franche comté : comté de Port, de Scoding, d’Amaous, de Warasch et la ville de Besançon.
Dans l’empire de Charlemagne, la Bourgogne reste un vaste comté regroupant pratiquement tous les territoires du premier royaume burgonde (Burgundy).
Après le démembrement de l’empire de Charlemagne au traité de Verdun de 843, les territoires relevant de ce premier royaume burgonde sont partagés en deux parties, l’une située à l’Ouest de la Saône relevant du Royaume de Francie Occidentale de Charles le Chauve, tandis que les autres à l’est de la Saône et du Rhône, appelées Bourgogne Transjurane et Bourgogne Cisjurane (dont dépend la Provence) dont le comté de Bourgogne s’étendant jusqu’à l’Aar est incorporée au Royaume de Francie Médiane de son frère ainé l’empereur Lothaire (843-855).
À la mort de l’empereur Lothaire Ier en 855, son fils Lothaire II (855-869) récupère le nord du royaume de Lotharingie avec la Bourgogne Transjurane et fixe sa capitale à Metz.
Eudes, comte de Troyes est l’un des grands de Bourgogne qui se révoltent contre Charles le Chauve en 858, et qui font appel à Louis le Germanique. Mais quand l’année suivante, Charles le Chauve prend le dessus sur son frère, Eudes est châtié et perd son comté. Il trouve alors refuge l’autre côté de la Saône.
En 862, Lothaire II prend pour concubine Waltrade et souhaite l’épouser en répudiant son épouse Thieberge. Cet événement va perturber toute l’existence de ce roi. Le pape Nicolas Ier (858-867) refuse ce remariage et envoie ses légats à Metz où réside le roi, pour le contraindre à renoncer.
En 863, Eudes rentre dans les faveurs de Charles le Chauve et obtient le comté de Mâcon s’installant ainsi sur les deux côtés de la Saône. Cette même année 863, à la mort de son frère Charles de Provence, le roi de Lotharingie Lothaire II reçoit le duché du Lyonnais.
En 865, sous la menace de ses oncles les rois Charles le Chauve et Louis le Germanique, et la pression toujours aussi forte du pape, Lothaire II doit renoncer à sa concubine et reprend son épouse légitime.
La montée en puissance d’Eudes s’accentue, en 867, Charles le Chauve lui accorde les comtés de Troyes et d’Autun. En 869, lors du passage du roi Lothaire II à Besançon, Eudes demande au roi de traiter le différend qui l’oppose à l’archevêque Arduic (843-871) sur des possessions de terres dans le Jura. Le roi donne raison à Eudes qui les conserve.
À la mort du roi Lothaire II, Eudes participe à la découpe du royaume de Lotharingie entre les deux oncles du défunt Charles le Chauve et Louis le Germanique lors du traité du 8 août 870 à Meerssen. Charles le Chauve acquiert la région jusqu’à la Meuse et le tiers de la Frise sauf Utrecht, ainsi que les régions le long du Rhône et de la Saône. Louis II de Germanie a les comtés de Warasch, d'Amaous et de Port issus du premier royaume burgonde sur l’actuel territoire de la France Comté.
Les partages de 843 à Verdun, 855 à Prüm, 870 à Meerssen sont ainsi à l'origine de la séparation des territoires en Bourgogne occidentale (duché) et orientale (comté): l'ouest de la Saône et du Rhône va à Charles le Chauve, l'est à Lothaire. Au IX° siècle, le territoire du premier royaume Burgonde va donc être disputé entre les Carolingiens de Francie Occidentale et les futurs rois du deuxième Royaume de Bourgogne.
Eudes annexe Besançon (le reste du Varais passe à Louis), le Lyonnais, le Viennois, le Sermorens, le Vivarais, l’Uzège, c’est-à-dire la portion de la succession de Charles de Provence qui était échue à Lothaire II en 863. Il perd Aix-la-Chapelle et Metz, mais la possession de Besançon et de Grenoble lui ouvre la route de l’Italie. Louis le Germanique obtient les deux tiers de la Frise avec Utrecht et Maastricht, les pays de la rive droite de la Meuse, à l'est de l'Ourthe et de la Moselle avec Metz et le long du Rhin (Aix-la-Chapelle, Sarre, Alsace) et le nord du Jura.
À partir de 870, suite à la disparition d’Eudes, le comte du Varais, Rofroi (870-895), exerce un pouvoir archi-comtal sur la Haute-Bourgogne. Malgré ses protestations et le soutien du pape Adrien II, Louis II ne réussit pas par la suite à récupérer son héritage et meurt en 875.
Vers 876, le fils d’Eudes, Gui (876-882) est nommé comte, et exerce sur la partie du comté de Varais de son père, un pouvoir délégué par les rois carolingiens.
En 879, Louis II le Bègue, successeur de Charles II le Chauve, nomme Boson de Provence tuteur de ses deux premiers fils cohéritiers Louis III et Carloman II. Tandis que Louis III le Jeune, roi de Francie Orientale s'apprête à faire la guerre à ses cousins les rois de Francie occidentale Louis III et Carloman II, Boson V de Provence , qui est le fils de Bivin de Vienne, comte d’Ardenne et de Metz, et lui-même duc de Lombardie, duc de Provence, comte d'Autun, de Berry, de Chalon, de Mâcon et de Troyes, ainsi qu’ abbé laïc de Saint-Maurice d'Agaune en profite pour se faire proclamer roi de Provence à Mantaille le 15 octobre 879, avec la présence de l’archevêque de Besançon. Ce royaume se constitue alors de la Provence, du Dauphiné, de la Savoie, du Lyonnais, de la Franche-Comté, des diocèses de Mâcon, de Chalon, de Viviers, d'Uzès, de Vienne, de Valence, d'Avignon et d’Arles soit la Bourgogne Transjurane. En 879, Boson, comte de Vienne et d’Autun, devient roi. Ses possessions couvrent une large part de l'ancienne Burgondie. Mais le roi Carloman II, soutenu par le propre frère de Boson, Richard dit le Justicier, réduit son royaume à la Provence. Boson exerce son pouvoir jusqu’en 880, année où est signé le traité de Ribemont entre Louis III le Jeune, roi de Francie Orientale, et ses cousins, les frères carolingiens, Louis III et Carloman II. Par ce traité, en échange de la neutralité de Louis le Jeune, les rois de Francie occidentale lui concèdent la partie de la Lotharingie qu'ils possédaient depuis le traité de Meerssen et peuvent ainsi mener la lutte contre Boson. Carloman II est soutenu par le propre frère de Boson, Richard dit le Justicier. En 880, par le traité de Ribemont, les petits-fils de Charles le Chauve cèdent leur part de la Lotharingie à Louis III de Germanie (dit aussi Louis le Jeune), fils de Louis le Germanique, qui recueille ainsi l'ensemble de la Lotharingie.
Le roi de Francie occidentale Charles le Chauve récupère lui le comté de Portois et une partie du comté de Varais et notamment Besançon. Les autres comtés sont incorporés dans le royaume de Francie orientale de Louis le Germanique.
Le comte Richard reprend, en 880, la ville de Mâcon, puis, en 882, celles de Lyon et de Vienne. Cette guerre ne prend fin qu'en 887, avec la mort de Boson et le mariage de sa fille avec le roi Carloman II. Richard reçoit, pour ses services, le comté d'Autun qui appartenait jusqu'alors à son frère.
.Rodolphe Ier (859-911) roi de Bourgogne de 888 à 911
En 888, Rodolphe, fils de Conrad II, duc de Bourgogne transjurane et d’Auxerre marié à Willa de Provence, fille de Boson V de Provence, est proclamé roi de Bourgogne à l’abbaye de Saint Maurice en présence de l’archevêque de Besançon puis couronné roi de Bourgogne et de Lotharingie à Toul par l'évêque Arnaud (Arnald). Sa sœur Adélaide épouse la même année Richard de Bourgogne dit le Justicier auquel elle apporte en dot le comté d’Auxerre. De leur union naissent :
-Raoul ou Rodolphe (v.890-936), duc de Bourgogne, abbé laïc de Saint-Germain d’Auxerre et de Sainte-Colombe de Saint-Denis-lès-Sens (921-923), puis roi de Francie Occidentale (923-936);
-Hugues (891-952), duc de Bourgogne, comte d'Outre Saône (923-952) et de Mâcon (927-952), et marquis de Provence (936-952);
-Boson (895-935), abbé laïc de Saint-Pierre de Moyenmoutier et du Saint-Mont de Remiremont;
-Ermengarde, duchesse de Bourgogne, mariée à Gilbert de Vergy, comte de Dijon, de Beaune et de Chalon, puis duc de Bourgogne.
-Alix, mariée à Reinier (?-931), comte de Hainaut.
En 890, Richard le Justicier acquiert le comté de Nevers et en 894, il s'empare du comté de Troyes en profitant des troubles semés par la mort du comte Adalelme de Troyes. Enfin, il conquiert, l'année suivante, sur le roi Eudes Ier le comté de Sens. Il est alors suzerain des comtés suivants : Comté de Chalon, comté de Charolais, comté de Macon, comté de Charolais,, comté de Mâcon, comté d’Autun, comté de Nevers, comté d'Avallon, comté de Sancerre, comté de Tonnerre, comté de Senlis, comté d'Auxerre, comté de Sens, comté de Troyes, comté d'Auxonne, comté de Bourgogne , comté de Montbéliard, comté de Bar. Enfin en 898, le comte Richard est autorisé par ce même souverain à fusionner ses comtés et prend alors le titre de marquis de Bourgogne, jusqu'en 918, puis celui de duc et ainsi l’auteur de la partition pour 4 siècles de la Bourgogne entre duché de Bourgogne rattaché au Royaume de France et comté de Bourgogne partie du Second Royaume de Bourgogne puis du Saint Empire.
Les comtés de la Haute-Bourgogne sont englobés dans ce royaume de Bourgogne Transjurane qui s’étend sur les deux versants du Jura avec comme limite à l’ouest, les rives de la Saône.
Le roi Rodolphe Ier s’appuie sur l’évêque de Besançon Thierry, qu’il nomme archichancelier de son royaume. Au début de son règne, il a fort à faire avec les rois carolingiens : Arnulf, roi de Germanie, Zwentibold, roi de Lorraine et fils du précédent, et Louis, roi de Provence fils de Boson. Zwentibold envahit en 894 le nord du nouveau royaume jusqu’au diocèse de Besançon et Louis intervient dans le sud de celui-ci. Zwentibold se maintient jusqu’en 900 sur la Haute Bourgogne, et Thierry s’est rallié au nouveau souverain. Les décès successifs d`Arnulf et de Zwentibold et l’intérêt pour l'Italie de Louis, laissent le champ libre à Rodolphe Ier qui agrandit et consolide son royaume.
.Rodolphe II (vers 880-937) roi de Bourgogne-Provence de 912 à 937 roi d’Italie de 922 à 925
Fils de Rodolphe Ier.
Son fils Rodolphe II (912-937) lui succède en 912. C’est un souverain batailleur. Il doit dans un premier temps, défendre avec succès son royaume contre une tentative de conquête par le roi des Francs et de Lorraine, Charles III le Simple.
Vers 914, Hugues le Noir (914-952) est pourvu du comté de Varais. Hugues le Noir est le second fils du duc de Bourgogne Richard le Justicier, et le neveu maternel du roi de Bourgogne Transjurane Rodolphe Ier. Peu de temps après, il exerce son autorité sur le comté de Portois.
En 918, Rodolphe II fait la guerre au duc de Souabe, Burchard, mais il est défait. En 919, Hugues, à la mort du duc d'Aquitaine Guillaume le Pieux, hérite du Lyonnais, dans le royaume de Bourgogne Cisjurane de son cousin Louis. La paix s’obtient par le mariage en 921 de Rodolphe II avec Berthe la fille du duc de Souabe. Dès 921, il est le comte prépondérant sur la Haute-Bourgogne.
L’année suivante, il est aux côtés de son frère Raoul et du duc Robert dans la lutte contre le roi de Francie Occidentale, Charles III le Simple.
Puis en 922, Rodolphe II se voit proposer en 922 par les nobles d’Italie du Nord la couronne de ce royaume dont le roi est Bérenger de Frioul. Rodolphe II traverse alors les Alpes. En 926 Bérenger est assassiné mais les grands d’Italie ne veulent plus de Rodolphe II comme roi lui préférant Hugues qui le 9 juillet est élu roi d’Italie à Pavie. Cette même année 926, le roi de Francie orientale Henri Ier intervient dans le royaume de Bourgogne et reconnait à son roi Rodolphe II l’investiture sur les terres situées entre l’Aar en Suisse et le Rhin avec le comté de Bâle mais en contrepartie il se fait remettre la Sainte Lance, insigne de la monarchie bourguignonne ce qui ressemble à un acte de vassalité garantissant sa protection à l’égard des ambitions du roi des Francs Raoul.
Hugues étend son autorité pendant l’année 927 sur le comté de Mâcon, à la suite de la disparition de la famille des comtes d’Auvergne. Il s’appuie sur ce comté sur le vicomte Aubri ou Albéric. Il est présent en 928, à l’assemblée de Lausanne tenue par son cousin le roi Rodolphe II.
Celui-ci se fait céder le comté de Bourgogne par Louis III l’Aveugle, fils de Boson et réunit en 934 le royaume de Bourgogne-Cisjurane ou royaume de Provence à son royaume de Bourgogne transjurane lequel devient ainsi royaume de Bourgogne-Provence (ou royaume d’Arles qui en est la capitale) lequel recouvre pratiquement l’ancien territoire du premier royaume burgonde à l’exception de la Basse Bourgogne devenue le duché de Bourgogne, du Lyonnais et du Viennois qui dépendent alors du royaume de Francie occidentale.
En 936, le duc de Bourgogne Raoul meurt subitement sans héritier direct. Hugues le Noir prend possession du duché de Bourgogne, mais ne réclame pas la succession sur le royaume des Francs. Louis IV qui vient d’être couronné se dirige vers la Bourgogne, pour faire reconnaître son autorité, Hugues le Noir refuse de prêter serment, et se retire dans ses terres Outre-Saône. Il gouverne sur les deux rives de la Saône. Il s’appuie sur ses fidèles vassaux que sont Gilbert, comte de Chalon et de Beaune, Aubri, vicomte de Mâcon, Liétaud fils d’Aubri et Robert, vicomte de Dijon.
.Conrad III (925-993) roi de Bourgogne-Provence de 937 à 993
Fils de Rodolphe II
Le roi de Bourgogne-Provence Rodolphe II meurt en 937 laissant 4 enfants mineurs. Conrad (937-993) n’a que douze ans.
Hugues, roi d'Italie, souhaite profiter de la minorité du jeune roi, pour unir son royaume à celui d'Italie, et former un immense royaume. Il épouse Berthe, la veuve de Rodolphe, et prend sous sa protection sa fille Adélaïde, qui est fiancée à son fils Lothaire.
Mais Othon Ier roi de Francie orientale et futur restaurateur de l’empire intervient dans le royaume bourguignon et sous prétexte de servir de protecteur à Conrad III, le conduit en Allemagne et le retient prisonnier dans son palais. Conrad est élevé à la cour germanique. Ceci donne prétexte en 937, à Hugues le Noir pour refuser de consentir l’hommage au roi de Bourgogne Conrad.
Sur la Haute Bourgogne, les comtes ont tendance à privilégier l’ouverture vers le royaume de Francie occidentale, notamment Hugues le Noir qui est à la fois duc de Bourgogne et archi-comte sur la Haute-Bourgogne. Conrad III, comme son père et comme ses successeurs, est peu libre de ses mouvements, et se déplace uniquement sur son domaine propre : Aix les Bains, Lausanne, Vevey et est donc peu présent sur les autres terres de son royaume.
En 938, Hugues se soumet au roi des Francs Louis IV et reconnaît son autorité. Du coup, les terres de Haute-Bourgogne situées jusqu’à présent hors du royaume des Francie occidentale commencent à entrer dans une certaine mouvance française. Louis IV devient donc souverain de la Haute-Bourgogne, du Lyonnais et du Viennois.
Vers 940, Conrad épouse Adélanie, qui lui donne deux enfants, dont un fils qui décède avant son père.
En 941, sous la pression du roi Othon de Germanie, il se voit contraint de ne plus nuire à Hugues le Grand et Herbert de Vermandois, ses adversaires sur la Bourgogne ducale.Othon libère Conrad en 942 lequel peut prendre enfin la succession de son père sur le royaume de Bourgogne-Provence. L'un de ses premiers actes est du 3 juillet 942 à Saint Maurice d'Agaune ou il concéde à Albéric Ier, vicomte de Mâcon, un certain nombre de terres et de biens dans la région de Salins, base de la seigneurie de Salins.
En 944, Conrad peut enfin réunir son premier plaid royal dans le Viennois en présence des ecclésiastiques : Guy, archevêque de Lyon, Sobon, archevêque de Vienne, Aymon , évêque de Genève, Béraud, évêque de Lausanne et des grands nobles, Hugues, archi comte de Haute Bourgogne, Charles-Constantin, comte de Vienne, Boson, comte d’Arles, Guillaume, comte d’Avignon, frère de Boson, Liétaud, comte de Macon, et Humbert, sire de Salins, frère de Liétaud. Il se brouille de nouveau en 943, avec le roi Louis IV, et doit partager sur le duché son autorité avec Hugues le Grand.
Cette même année 943, Albéric, fils du vicomte de Narbonne Mayeul, qui a épousé Attala, l’héritière de la vicomté de Mâcon, étend son autorité sur des terres de Salins, de Pontarlier et de Besançon, avec la bienveillance de Hugues le Noir et du roi Conrad de Bourgogne. Albéric est enterré en 945, dans la première église Saint-Étienne de Besançon. Liétaud II (945-965) fils d’Albéric, succède à son père sur les comtés de Mâcon et de Besançon, tandis que son frère Humbert hérite des terres de Salins. Tous les deux rendent hommage à Hugues le Noir.
Dès 948, Conrad, appuyé par Othon, réussit à faire reconnaître sa suzeraineté sur l'ancien royaume de Provence. Conrad affirme son autorité en créant le marquisat de Provence et en nommant trois comtes et des vicomtes, étrangers au pays, dont un à Arles qui va rapidement supplanter tous les autres. Il s'agit du comte d'origine bourguignonne Boson II (parent éloigné du Boson de la fin IXe siècle), à l'origine de la première lignée des comtes de Provence.
Hugues se réconcilie en 949, avec le roi de Francie occidentale Louis IV et redevient le premier personnage du duché.
Deux ans plus tard, le roi Louis accompagné de Liétaud vient à Besançon rencontrer Hugues le Noir. Cette même année 951, Adélaïde, la veuve du roi d'Italie Lothaire, épouse en secondes noces Othon Ier roi de Francie orientale qui devient ainsi roi d’Italie et donc beau-frère du roi de Bourgogne-Provence Conrad. À la mort d’Hugues le Noir, en 952, c’est Gilbert de Chalon (son gendre) qui récupère les terres d’Hugues.
Albéric ou Aubri II (965-982) hérite à la mort de son père des mêmes territoires.
En 958, le roi de Bourgogne-Provence Conrad épouse Mathilde, fille du roi de Francie occidentale Louis IV, mais surtout nièce d’Othon, la mère du futur Rodolphe III. Les relations avec la famille Ottonienne se renforcent.
En 962, Othon Ier est sacré empereur.
.Othon Ier (912-973) duc de Saxe en 936, roi de Francie Orientale (Germanie) de 936 à 961, roi d’Italie en 951,empereur romain germanique de 962 à 973
Fils du roi de Francie Orientale Henri Ier dit l’Oiseleur
Le roi de Bourgogne Conrad a trois filles, l’aînée Gisèle, de son premier mariage, épouse le duc de Bavière Henri; Berthe du second mariage, épouse le comte de Blois Eudes, et Gerberge, la cadette, épouse le duc de Souabe Hermann. Elles sont à l’origine de la guerre de succession après la mort de leur frère. Conrad a également deux enfants d’une concubine, Burchard et Conon-Conrad.
Sur la Provence, Conrad nomme le comte d'Arles, Guillaume, gouverneur de cette région. En 972, Guillaume rassemble avec son frère Rothbold (Roubaud), une armée de fidèles et ils chassent de toute la Provence, les groupes de pirates sarrasins qui ont infesté la région, depuis de nombreuses années. Pour cet acte auquel le roi Conrad n’a pas pris part, Guillaume obtient la suzeraineté sur la Provence.
.Othon II (955-983) ,roi de Francie Orientale (Germanie) de 961 à 983, roi d’Italie en 980, empereur romain germanique en 973 à 983
Fils d’Othon Ier
À la mort d’Albéric II, un personnage se manifeste, c’est Otte-Guillaume, fils du roi d’échu d'Italie Adalbert Ier, et de Gerberge de Chalon, fille du comte Lambert. Il est le beau-fils du duc de Bourgogne Eudes-Henri après le remariage de sa mère. Il épouse Ermentrude de Roucy veuve d’Albéric II, et gouverne les comtés de Mâcon et de Besançon, au nom de ses deux beaux-fils, Liétaud et Aubri.
En 984, Adélaïde, veuve de Othon Ier, demande à son frère le roi de Bourgogne Conrad III d’intervenir dans la succession de Germanie ; en effet son petit-fils Othon III est retenu prisonnier par Henri le duc de Bavière. Conrad III accompagné de seigneurs italiens et lorrains, se dirige vers le bavarois, celui-ci voyant la partie perdue, relâche Othon III. Ce dernier hérite de l’empire et devient roi des romains en 993 sous la régence de sa mère. Cette même année 993, Rodolphe III succède à son père Conrad III comme dernier roi de Bourgogne Provence.
.Rodolphe III (vers 965-1032) roi de Bourgogne-Provence de 993 à 1032
Fils de Conrad III.
En 996, Robert II le Pieux succède comme roi de Francie Occidentale à son père Hugues Capet et épouse Berthe la sœur du roi de Bourgogne Rodolphe III, veuve d’Eudes de Blois (ce mariage est rejeté par l'Église, pour lien de parenté entre les deux époux. Les deux grands-mères, paternelle de Robert et maternelle de Berthe, sont sœurs et filles du roi de Germanie Henri Ier).
.Othon III (980-1002), roi de Francie Orientale (Germanie) de 983 à 1002, roi d’Italie en 996, empereur romain germanique de 996 à 1002
Fils d’Othon II
.Otte-Guillaume (962-1026), comte de Bourgogne de 982 à 1026 et duc de Bourgogne de 1002 à 1004
En octobre 1002, Henri, duc de Bourgogne, meurt sans laisser d’héritiers légitimes. Fils d’Hugues le Grand, le défunt est l’oncle de Robert II le Pieux, qui a donc des droits sur le duché. Toutefois, cet héritage est réclamé par Otte-Guillaume, comte de Bourgogne, dont la mère, Gerberge, a épousé Henri en secondes noces. En 1003, Robert II fait marcher ses troupes vers la Bourgogne, en direction d’Auxerre. Mais l’expédition est un échec. Le roi de Francie Occidentale lance une nouvelle offensive en 1005. Cette fois-ci, ses troupes parviennent à prendre Auxerre et Avallon, ce qui incite le comte de Bourgogne à négocier. Il accepte alors de céder le duché de Bourgogne à Robert II, à l’exception de Dijon, entre les mains de Brun de Roucy, évêque de Langres résolument hostile aux Capétiens. En 1012, répondant à l’appel de l’archevêque de Sens Léotheric, qui dénonçait la politique défensive de Rainard, comte de Sens. (ce dernier érigeait des fortifications dans la cité, alors que le comté de Sens ouvrait la route vers le duché de Bourgogne) Robert II décide d’intervenir, non seulement parce que ces constructions étaient menaçantes, mais en outre parce que la prise de Sens permettait de couper en deux les Etats d’Eudes II, comte de Blois.
En 1015, Rainard est excommunié, et Robert II lance une offensive qui lui permet de prendre Sens. Le vaincu décide alors de négocier avec le roi de Francie Occidentale, lui proposant de rester à la tête du comté jusqu’ à sa mort, le territoire revenant ensuite à la couronne de Francie Occidentale. Robert II accepte, puis il se rend à Dijon, ou Brun de Roucy vient de mourir.
Rentrant dans la ville en janvier 1016, le Capétien devient maître enfin de la totalité du duché de Bourgogne intégré au royaume de Francie Occidentale qui devient définitivement séparé du comté de Bourgogne (future Franche-Comté). Son fils aîné Hugues étant l’héritier de la couronne, il cède le duché à Henri ; puis, à la mort d’Hugues, en 1025, Robert II cède le duché à Robert.
.Henri II dit le Saint (973-1024), roi de Francie Orientale de 1002 à 1024, roi d’Italie en 1004, empereur romain germanique en 1002 à 1024
Fils d’Othon III.
Il se fait promettre par Rodolphe III d’être son héritier. Mais il meurt avant Rodolphe III.
.Conrad II dit le Salique (990-1039), roi de Francie Orientale de 1024 à 1039, roi d’Italie en 1026, empereur romain germanique de 1027 à 1039, roi de Bourgogne-Provence de 1032 à 1039
Fils d’Henri II.
A la mort de Rodolphe III, en 1032, c’est donc l’empereur Conrad II le Salique qui hérite du Royaume de Bourgogne-Provence (encore appelée Royaume d’Arles car c’est cette ville qui en est la capitale) qui devient un des quatre royaumes de l’empire.
Besançon est un archevêché qui comme tous les archevêchés de l’empire a à sa tête un archevêque qui dispose non seulement du pouvoir spirituel sur le territoire de l’archevêché mais du pouvoir temporel sur la ville qui n’est pas la capitale du comté de Bourgogne. L’archevêque de Besançon n’est pas vassal du comte de Bourgogne mais comme lui du roi de Bourgogne et empereur.
.Renaud (1006-1057), premier comte palatin de Bourgogne/Pfalzgraf Burgund de 1026 à 1057
Archevêques :
.Hugues Ier, archevêque de Besançon de 1031 à 1043, prince-archevêque de 1043 à 1066, archichancelier du royaume de Bourgogne,
C’est un descendant de la famille des sires de Salins, celle d’Humbert. Il a été chapelain du roi de Bourgogne Rodolphe III.
.Henri III dit le Noir (1017-1056) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1028 à 1056, roi de Bourgogne-Provence de 1038 à 1056, roi d’Italie en 1039, empereur de 1046 à 1056
Fils de Conrad II.
L’empereur Conrad II fait couronner son fils Henri, roi de Bourgogne, en 1038. Les grands, dont le comte Renaud et l’archevêque de Besançon Hugues, sont présents à cette cérémonie qui se tient à Soleure.
En janvier 1042, le roi de Francie orientale (Germanie) et de Bourgogne, Henri III vient à Besançon, sur l’initiative d’Hugues Ier, visiter son royaume de Bourgogne. À cette occasion, l’archevêque est nommé archichancelier du royaume de Bourgogne. Devenu empereur, Henri III revient en 1043 à Besançon pour se fiancer avec Agnès, nièce de Renaud. A cette occasion l’archevêque Hugues obtient les droits régaliens sur la ville échappant ainsi au contrôle comtal pour dépendre directement de l’empereur.
Besançon devient ville impériale et l’archevêque prince et l’archevêque de Besançon devient prince d’Empire. Son diocèse coïncide pratiquement avec le comté de Bourgogne ou Franche-Comté y compris Montbéliard mais son pouvoir temporel s’arrête pratiquement aux limites de la ville de Besançon. Ce changement de statut de la ville s’explique certainement par la reconnaissance du roi vis à vis d’Hugues qui a soutenu la maison impériale lors de la guerre de 1032/1034.
.Guillaume (1020-1087), comte de Bourgogne de 1057 à 1087, comte de Macon
.Henri IV (1050-1106) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1056 à 1099, roi de Bourgogne de 1056 à1106, roi d’Italie en 1080, empereur de 1084 à 1105,
Fils d’Henri III.
Henri III décède en 1056, ne laissant qu'un héritier de six ans. Profitant de la minorité d'Henri IV le pape Nicolas II décide en 1059 de réserver l'élection du pape aux seuls cardinaux. Le pape n'est donc plus l'homme de l'empereur. Elu en 1073 , le pape Grégoire VII Henri IV va entrer en conflit avec le pape pour la question de la désignation des évêques qui détiennent outre leur pouvoir spirituel sur leur évêchés mais des pouvoirs comtaux sur leur ville et une partie du territoire de leurs évêchés. Elu en 1073, le pape Grégoire VII publie un décret interdisant aux laïcs de choisir et d'investir les évêques. C'est la première fois que l'Église prend position sur la question des investitures laïques (C'est l'origine de la Querelle dite des Investitures qui va opposer l'empire à la papauté de 1075 à 1122).
En janvier 1076, un synode d'évêques germanique, reproche au pape son ingérence dans les affaires épiscopales. Il le déclare indigne de ses fonctions et lui refuse obéissance. En réaction à la lettre qui le conviait avec une grande brutalité à renoncer à sa charge, Grégoire VII fait déposer Henri IV par un autre synode en février 1076 . L'empereur, dont les sujets sont déliés de leur serment de fidélité, est finalement excommunié tout comme l archevêque de Mayence . Très vite, des prélats germaniques déclarent leur soumission au pape ; les ducs de Souabe, Carinthie et Bavière se déclarent contre Henri IV, avec l'appui des Saxons, qui reprennent les armes. Le 16 octobre 1076, les princes décident qu'un nouveau monarque sera élu si la sentence papale n'est pas levée dans un an et demandent au pape de venir juger le souverain déchu Ils font bloquer les passages des Alpes pour empêcher Henri IV de rencontrer Grégoire VII.
À l'idée de voir se révolter une noblesse trop heureuse de contester le pouvoir impérial, Henri IV recule. Il quitte Spire en cachette avec une garde réduite, passe le col du Mont-Cenis par un froid intense et chevauche à la rencontre de Grégoire VII à Canossa , au nord de l'Italie . Le souverain pontife, qui se rendait à Augsbourg pour assister à une assemblée impériale, s'est réfugié dans cette ville car il se croit menacé. Henri IV attend trois jours, en habit de pénitent, que le pape daigne le recevoir, puis il s'agenouille devant lui pour implorer son pardon. En réalité, les trois jours se passent en négociations au cours desquelles Mathilde de Toscane et l'abbé de Cluny Hugues , parrain d'Henri IV, jouent un rôle fondamental. Le pape finit par lever l'exc ommunication . Grégoire VII fait cependant savoir que si le pécheur a reçu l'absolution, il ne lui a pas pour autant restitué son pouvoir. Par sa pénitence à Canossa, Henri IV est parvenu à écarter le danger d'une entente entre le pape et l'opposition des princes germaniques, mais le pape a pu s'ériger en juge des princes, droit que Grégoire VII juge naturel. Cependant la réhabilitation d'Henri IV n'empêche pas l'élection d'un nouvel empereur, Rodolphe de Rheinfelden , par les princes révoltés en 1077.
À la mort du pape Grégoire VII en 1085, aucun pape n'est élu pendant deux ans. Ensuite, le faible Victor III règne pendant dix mois. Henri IV commence à penser que la victoire va revenir dans son camp. Il n'est cependant pas au bout de ses difficultés. Il s'oppose à Urbain II , le successeur de Victor III et Il doit faire face à un soulèvement de la Bavière en 1086 et, à l'instigation de la comtesse Mathilde de Toscane, allièe du pape, à une première révolte de son fils Conrad, duc de Lorraine qui se fait élire roi de Germanie en 1087.. Entre 1093 et 1097, son fils Conrad lui interdit tout retour en Germanie en occupant les cols des Alpes.
.Hugues II de Montfaucon, prince-archevêque de Besançon de 1067 à 1085
Fils de Conon, qui a construit le château de Montfaucon près de Besançon, seigneur de Montfaucon vassal de Renaud Ier de Bourgogne et grand bénéficier de l’église Saint Etienne de Besançon.
.Hugues III, prince-archevêque de Besançon de 1085 à 1101
Son père le comte Guillaume Ier de Bourgogne s’affirme alors comme le personnage le plus important du comté de Bourgogne et ne tarde pas à mettre la main sur l'archevêché de Besançon en le faisant ordonner archevêque en 1085.
.Renaud II (1061-1097) comte de Bourgogne, de Mâcon, de Vienne et d'Oltingen de 1087 à 1097
.Etienne Ier (vers 1065-1102), comte de Bourgogne de 1097 à 1102
.Guillaume II (1105-1125) dit l’Allemand, comte de Bourgogne de 1102 à 1125
.Ponce, prince-archevêque de Besançon de 1102 à 1107
.Hugues IV, prince-archevêque de Besançon de 1108 à 1109.
Guillaume Ier d'Arguel, prince- archevêque de Besançon de 1109 à 1117
Le nom de la famille d'Arguel apparaît au XIème siècle en la personne de Guy d'Arguel (1040 - 1097) seigneur d’Arguel dont le château est situé à environ 6 kms de Besançon.
.Renaud III (1127-1148), comte palatin de Bourgogne de 1125 à 1148
.Henri V (1086 –1125), roi de Francie Orientale (Germanie) de 1099 à 1125, roi d’Italie en 1098 , roi de Bourgogne-Provence de 1056 à 1125, empereur de 1111à 1125
Fils d’Henri IV.
Henri V s'était appuyé sur les partisans de la réforme grégorienne pour affermir son pouvoir face à son père, mais, dès que son autorité est solidement assise, il s'oppose au pouvoir pontifical en se mêlant comme son père des nominations d'évêques. Il estime que, vu la symbiose entre l'Église et l'Empire, il était dangereux de trop desserrer les liens. Le pape Pascal II , qui a renouvelé l'interdiction des investitures laïques, pense pouvoir négocier. En effet, Henri V veut être couronné empereur par le pape. Le souverain se rend en Italie pour négocier directement avec le pape. Le pape propose une solution radicale qui vise à rompre définitivement les liens entre l'épiscopat et l'Empire. Les deux hommes signent le concordat de Sutri en février 1111. L'empereur renonce alors aux investitures laïques. En échange, les évêques renoncent aux regalia c'est-à-dire aux villes, duchés, marquisats, péages, monnaies, marchés qu'ils tenaient de leurs fonctions administratives dans l'Empire. En contrepartie, les églises sont libres avec toutes leurs possessions propres. L'accord est ratifié par le roi sous réserve de l'adhésion des évêques germaniques. Les concessions accordées par Pascal II suscitent une vive opposition de la part de la Curie romaine et des évêques germaniques. Le 12 février 1111, lors de la cérémonie du couronnement, devant la protestation bruyante des évêques, Henri V déclare l'accord inapplicable Le pape refuse donc de le couronner. Pascal II est emprisonné. Il est obligé de couronner Henri V et de signer l'accord du Ponte Mummolo le 11 avril 1111. Ce nouvel accord permet à l'empereur de donner les investitures à sa guise. Le camp impérial semble triompher. Mais le concile de Latran de 1112 revient sur toutes les concessions faites pendant la captivité du pape. De plus, Henri V doit faire face à un mécontentement général en Germanie. À l'est les Saxons se révoltent. Les troupes impériales sont battues à deux reprises. Henri V est excommunié en 1114 et le clergé germanique se range cette fois du côté du pape. Deux évêques réformateurs sont même nommés à Metz et à Magdebourg . Pascal II meurt en 1118. Le nouveau pape Gélase II refuse de rencontrer Henri V de peur d'être emprisonné et quitte Rome à l'arrivée de ce dernier. Comme son père précédemment, l'empereur fait élire un antipape, Grégoire VIII.
.Anseric, prince-archevêque de Besançon de 1117 à 1134
Le pape Gélase II meurt en exil à Cluny en janvier 1119. Les prélats germaniques, las du conflit avec l’empereur Henri V, espèrent une solution qui satisfera les deux partis. Le nouveau pape Caliste II entame, en 1119, des négociations avec l'empereur, qui n'aboutissent pas. Alors que l'armée impériale et les rebelles venus de Saxe sont prêts à s'affronter, les princes germaniques, réunis à l'initiative de l'archevêque de Trèves, enjoignent à Henri V de se soumettre au pape si celui-ci préserve « l'honneur de l'Empire » Une année de difficiles négociations commence. Lambert d'Ostie, légat du pape Calixte II, sait ménager l'empereur. Henri V, excommunié, est absous sans faire acte de pénitence. Un accord est trouvé en 1122. Il est connu sous le nom de concordat de Worms. L'empereur renonce à l'investiture par la crosse et l'anneau. Il accepte la libre élection des évêques par le chapitre canonial de la cathédrale. En cas de conflit lors de cette désignation, il peut arbitrer en faveur du candidat le plus digne. Il donne ensuite l'investiture temporelle sous la forme d'un sceptre pour les biens fonciers et les fonctions régaliennes de l'évêque. Ce dernier a l'obligation de s'acquitter des tâches que lui imposent les terres concédées par l'empereur. Mais ce droit de regard sur l'élection épiscopale ne s'exerce que sur les possessions germaniques de l'empereur. Il perd donc son influence sur la nomination des évêques de Bourgogne-Provence et en Italie.
.Lothaire III de Supplinbourg (1075-1137) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1125 à 1137, roi de Bourgogne-Provence de 1125 à 1137, empereur de 1133 à 1137
.Humbert de Scey, prince-archevêque de Besançon de 1134 à 1161
Depuis des temps très ancien la famille de Scey possédait le château (aujourd'hui château Saint-Denis en ruine) érigé sur un éperon rocheux réputé longtemps inaccessible dans le bailliage d'Ornans. Au XII° siècle cette famille occupe un rang très important parmi les plus anciennes de la région de Besançon. Elle possède une grande partie des montagnes du bailliage d'Ornans.
.Conrad III de Hohenstaufen (1093-1152), roi de Bourgogne-Provence de 1138 à 1152 roi des Romains (empereur) de 1138 à 1152
.Othon Ier (1170-1200), comte palatin de Bourgogne et comte de Luxembourg de 1190 à 1200
.Frédéric Ier de Hohenstaufen, dit Barberousse (1122-1190), duc de Souabe et d’Alsace, comte palatin de Bourgogne (Franche-Comté) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1155 à 1190, roi de Bourgogne-Provence de 1152 à 1190, empereur romain germanique de 1155 à 1190
En 1155, Frédéric Ier de Hohenstaufen devient empereur. Il est duc de Souabe (duché dont fait alors partie l’Alsace). Il prend aussitôt le contrôle du comté de Bourgogne en faisant prisonnier le fils de l’héritier du comte Guillaume IV de Bourgogne et en épousant le 9 juin 1156 dans la cathédrale de Wurzbourg la comtesse héritière de Bourgogne, Béatrice Ière de Bourgogne ce qui le fait comte de Bourgogne.
En octobre 1157, il préside une diète à Besançon en présence de l’archevêque Hugues de Scey et se rend dans le sud du comté notamment à Salins et à Arbois. Il revient en 1161 à Vesoul et à Besançon après que ses représentants ont rencontré ceux du roi de France Louis VII à Saint-Jean-de-Losne pour échanger sur le schisme religieux de l’époque. Frédéric soutient les antipapes Victor IV (1159-1164), Pascal III (1164-1168) et Calixte III (1168-1177), et Louis VII le pape Alexandre III (1159-1181) ; ils se mettent d’accord sur une entrevue commune des souverains pontifes; mais celle-ci n’a pas lieu.
.Gauthier II de Bourgogne, prince- archevêque de Besançon de 1162 à 1163
Fil d’Hugues II, duc de Bourgogne ; frère d’Eudes II de Bourgogne, duc de Bourgogne.
.Herbert (schismatique), prince- archevêque de Besançon de 1163 à 1170
L’empereur Frédéric Ier passe de nouveau à Besançon et à Dôle en 1166 pour aller combattre en Italie du Nord, les villes lombardes qui soutiennent le pape, et repasse dans la Comté lors de son retour en 1168.
.Eberard de Saint-Quentin, prince-archevêque de Besançon de 1171 à 1180
Sous le régne d’Eberard de Saint Quentin Frédéric Ier est encore présent en 1173, 1176 et 1178 à Besançon et dans le comté; mais c’est Dôle qui a sa prédilection, il y construit un château, et il confirme cette ville comme capitale du comté.
Pendant quinze ans, Frédéric Barberousse s’épuise en vain à vouloir imposer son antipape. Il soutient les exactions de ses vassaux les comtes de Chalon sur Saône et de Mâcon contre les églises et notamment celle de Cluny, qui soutiennent le pape. Tout rentre dans l’ordre en 1177, par la paix de Venise et la fin du schisme. Après cette paix de Venise, Barberousse pénètre en Bourgogne, et le 30 juillet 1178, il se fait couronner roi de Bourgogne, par l’archevêque d’Arles.
.Thierry II de Montfaucon, prince- archevêque de Besançon de 1180 à 1190
Fils de Richard de Montfaucon et Sophie/Agnès, comtesse de Montbéliard, fille de Thierry II de Montbéliard.
.Henri VI de Hohenstaufen dit le Cruel (1165-1197) roi de Francie Orientale (Germanie) dès 1169 jusqu’à 1197, roi de Bourgogne-Provence de 1191 à 1198 empereur de 1191 à 1198, roi de Sicile de 1194 à 1197
Fils de Frédèric Ier
.Etienne de Vienne, prince-archevêque de Besançon de 1191 à 1193
Fils de Géraud Ier, comte de Macon et de Maurette de Salins
.Jeanne Ière de Bourgogne (1191-1205), comtesse palatine de Bourgogne de 1200 à 1205
..Philippe Ier de Hohenstaufen (1177 - 1208 ), roi des Romains en 1198 , roi de Francie Orientale de 1198 à 1208,
En 1198, deux rois des Romains sont élus: Philippe Ier de Hohenstaufen et Otton de Brunswick. Les deux sont donc candidats pour la couronne impériale.
Pour mettre fin aux agitations dans le comté, Philippe de Hohenstaufen, frère du comte de Bourgogne Othon Ier, marie sa nièce Béatrice II en 1208 à Othon II (1208-1234), duc de Méranie (duché situé sur la côte dalmate)
Le pape prend le parti d'Otton IV, mais celui-ci ne sera couronné qu'après l'assassinat de Philippe Ier en 1208
.Otton IV de Brunswick (1175/1176-1218), roi des Romains en 1198, empereur de 1209 à 1214.
.Béatrice de Bourgogne (1193-1231), comtesse palatine de Bourgogne de 1205 à 1231 et Othon II de Bourgogne (1180-1234), comte palatin de Bourgogne de 1231 à 1234
.Amédée de Tramelay, prince-archevêque de Besançon de 1193 à 1220
Famille noble de la région de Saint Claude dans le comté de Bourgogne ; de la même famille que Bernard de Tramelay ou Dramelay, ou Dramelet, château du même nom, aux environs d'Arinthod, quatrième maître de l'Ordre du Temple (1152 - 16 août 1153), ancien commandeur de Dole.
.Frédéric II de Hohenstaufen (1194-1250) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1212 à 1250 , roi d’Italie de 1198 à 1250, roi de Sicile de 1198 à1250, roi de Bourgogne-Provence de 1198 à 1250 , empereur de 1220 à 1250
.Gérard de Rougemont, prince-archevêque de Besançon de 1221 à 1225
Fils de Thibaud II de Rougemont, seigneur de Rougemont, vicomte de Besançon ; maison des seigneurs de Rougemont du nom de Rougemont-le-Château qui au début du Moyen Age fait partie intégrante de l'Alsace (passée en 829 du landgraviat de Haute-Alsace au comté du Sundgau, puis au début du XIIème siècle passe aux comtes de Ferrette). Cette famille est investie depuis 1096 des charges de vicomte de Besançon.
Sous le règne de la comtesse Béatrice, Jean de Chalon (1224-1268), fils d'Étienne de Chalon, soutient en 1224/1225 les Bisontins érigés en Commune dans le conflit qui les oppose à l’archevêque de Besançon Gérard
.Jean Ier Halgrin (cardinal), prince-archevêque de Besançon de 1225 à 1227
Un accord est conclu en 1225, entre Jean de Chalon et le nouvel archevêque Jean Halgrin (1225-1227), et les Bisontins font leur soumission.
.Nicolas de Flavigny, prince-archevêque de Besançon de 1229 à 1235
Au XIII siècle, les bourgeois bisontins tentent de constituer la commune de Besançon, et s'opposent ainsi à l'archevêque de Besançon, qui entend garder ses pleins droits de souveraineté sur les terres de Bregille, un quartier de Besançon. Un conflit éclate alors en 1232, quand les Bisontins interdisent aux Bregillots de s'approvisionner en bois dans la forêt de Chailluz.
Nicolas de Flavigny rappelle alors ses droits sur les bois de la ville auprès de l'évêque de Chalon qui ne tarde pas à lui donner raison, arrêtant ainsi le conflit pour un temps.
.Othon III (1208-1248), comte palatin de Bourgogne de 1234 à 1248
.Geoffroy, prince-archevêque de Besançon de 1236 à 1241
.Conrad IV (1228-1254) roi de Francie Orientale de 1237 à 1254, roi de Bourgogne- Provence de 1237 à 1254, roi de Sicile de 1250 à 1254
.Grand Interrègne de 1256 à 1273
.Guillaume Ier de Hollande, anti-roi de Francie Orientale de 1254 à 1256 (contre Frédéric II et Conrad IV)
.Richard Ier de Cornouailles, roi de Francie Orientale de 1257 à 1272
.Alphonse de Castille anti-roi de Francie Orientale de 1257 à 1272 (contre Richard Ier)
.Guillaume II de la Tour, prince archevêque de Besançon de 1245 à 1268
En 1258, profitant de la vacance du pouvoir impérial, les Bisontins se révoltent de nouveau contre l’archevêque Guillaume , Jean et Hugues de Chalon les soutiennent, la querelle gagne tout le comté et de nombreux nobles rejoignent les révoltés. Le pape Alexandre IV (1254-1261) condamne en 1259 cette révolte et demande l’intervention du roi de France Louis IX, et du duc de Bourgogne Hugues IV.
En 1264, un traité de garde est alors passé entre le duc de Bourgogne Hugues IV et les citoyens de Besançon.
.Alix/Adélaide (1209-1279) comtesse palatine de Bourgogne de 1248 à 1279
.Eudes de Rougemont, prince-archevêque de Besançon de 1269 à 1301
De la même famille que Gérard de Rougemont. Fils d’Humbert III de Rougemont, seigneur de Rougemont.
Sous son règne les Bisontins refuse toujours de considérer la ville comme vassale de l'empereur.
A partir de 1273, la comtesse de Bourgogne Alix se retrouve face à l'empereur Rodolphe Ier de Habsbourg qui veut restaurer la vassalité du comté de Bourgogne à l’égard du Saint Empire.
.Rodolphe Ier de Habsbourg(1218-1291), roi de Francie Orientale (Germanie), roi des Romains (empereur) de 1273 à 1291, roi de Bourgogne-Provence de 1273 à 1291, Landgraf de Haute Alsace
.Othon IV (avant 1248 -1303), comte palatin de Bourgogne de 1248 à 1303
L’armée de l’empereur Rodolphe forte de vingt-milles hommes se met en marche en 1289, et après la prise de Montbéliard, se présente devant Besançon, où se sont réfugiés Otton IV et Renaud. L’empereur Rodolphe ne peut s’emparer de la cité mais fait dévaster les abords tandis que Jean Ier de Chalon-Arlay, son allié, bloque les murs. Otton IV se soumet à l’empereur, et conseille à la Commune de traiter avec l’empereur qui reconnaît aux Bisontins leur commune autonome. La ville de Besançon obtient son indépendance communale et se gouverne librement, tout en étant soumis comme tout le comté de Bourgogne à l’autorité de l’empereur. En 1290, Besançon est assiégée pendant quatre mois par les armées impériales, tenant le quartier de Bregille, alors que les troupes vassales leur faisant face occupent la Mouillère ainsi que les Prés-de-Vaux. le comte de Bourgogne Othon IV, ne veut guère continuer cette lutte, décide de négocier pour finalement céder. À ce moment-là, les Bisontins profitent de la situation pour faire reconnaître officiellement leur commune par l'Empire. C'est alors le commencement d'une nouvelle bataille entre les Bourgeois et l'archevêque.
.Adolphe de Nassau, (avant 1250-1298) roi de Francie Orientale (Germanie) de 1292 à 1298, roi de Bourgogne-Provence de 1291 à 1298, empereur de 1292 à 1298
En 1293, Jean de Chalon-Arlay acquiert par personne interposée, la mairie de Besançon. L’année suivante grâce au soutien de l’empereur, il obtient la vicomté de la ville. Les véritables propriétaires des fiefs que constituaient la mairie et la vicomté de Besançon étaient les archevêques qui les tenaient directement de l’Empire. Ils en confiaient la garde à des seigneurs qui ne pouvaient pas être des rivaux pour eux Dès le 4 mai 1293, Jean de Chalon-Arlay sollicite l’empereur afin d’obtenir la ratification de cette cession. Inquiets de voir un homme trop puissant prendre une place aussi importante dans leur ville, l’archevêque Eudes de Rougemont et les bourgeois refusent l’investiture. Ils lui opposent Hugues de Chalon, le frère d’Othon comme compétiteur. C’est le signal d’une guerre sanglante entre l’oncle et le neveu.
Afin de plaider sa cause pour les deux différends, Othon se rend en personne à Colmar auprès de l’empereur Adolphe de Nassau occupé alors à en diriger le siège. En arrivant sous les murs de la cité alsacienne, le baron d’Arlay l’avait devancé Othon n’obtient pas gain de cause L’empereur le condamne sur tous les points en présence de tous les princes d’Empire assemblés. Adolphe ordonne à Othon IV le baron d'Arlay en possession de la mairie et de la vicomté. (22 octobre 1293) de Besançon. Othon doit s’incliner et faire encore hommage de son comté de Bourgogne. C’est totalement outragé, mortifié qu’il s’en revient à Besançon.
Othon humilié, blessé au plus profond de son être par l’empereur n’a plus d'autres ressources que l’amitié du roi de France Philippe le Bel. Dès que le roi Philippe le Bel eut connu et jugé Othon il comprend le parti qu’il peut en tirer ; il ne cesse de le circonvenir, l’attirant à sa cour et lui faisant délaisser celle de l’empereur son suzerain. Il le comble d’honneurs, de distinctions et remédie à sa pénurie d’argent. Il acquiert sur l’esprit de d’Othon un tel ascendant que celui-ci devient un instrument docile de ses volonté
Othon se livre sans réserve à la France. Le roi le met au comble de sa vanité en lui proposant une alliance entre leurs enfants, alors en bas âge, Philippe (le futur Philippe le Long) et Jeanne et l’améne par divers moyens à lui céder à beaux deniers comptants ses États héréditaires
.Hugues V de Chalon, dit le Sourd, prince-évêque de Liège de 1296 à 1301 prince-archevêque de Besançon de 1302 à 1311
Fils de Jean Ier de Chalon et de Laure de Commercy.
.Albert Ier de Habsbourg, (1255-1308), roi de Francie Orientale de 1298 à 1308, roi de Bourgogne-Provence de 1298 à 1308, empereur de 1298 à 1308
Fils de Rodolphe Ier.
La plupart des nobles comtois refusent de rendre hommage au roi de France et se regroupent autour de Jean de Chalon-Arlay. Ce dernier prend la tête de la ligue des coalisés pour s’opposer à la prise de possession par le roi de France. I
Après six ans de conflit, en 1301, les nobles comtois se soumettent à leur nouveau maître, Philippe le Bel. Jean de Chalon-Arlay reçoit en 1302 une pension royale.
Le comte Othon IV meurt au service de Philippe le Bel le 17 ou le 26 mars 1303.
.Robert de Bourgogne (1300-1315), comte titulaire de Bourgogne de 1303 à 1315
En 1306, Philippe le Bel attribue le titre de «gouverneur du comté au nom du roi France» à Jean de Chalon-Arlay.
En 1307, le mariage entre Jeanne Ier de Bourgogne (1307-1330) et Philippe de France, le futur Philippe V le Long, ne change pas la situation, Philippe le Bel gouverne la province.
Les Bisontins se soulèvent contre le nouveau gouverneur, mais ce dernier mate la rébellion en infligeant une sévère défaite aux troupes communales dans la combe de Gisey, près d'Arguel en août 1307.
En 1308, un traité de gardiennage est signé entre Jean de Chalon-Arlay et les Bisontins, à Montfaucon, valable soixante ans. Ainsi après vingt ans d’effort, il est enfin le maître de la ville, puisqu’il possède la mairie, la vicomté et qu’il en est le gardien.
.Henri VII de Luxembourg (vers 1275-1313), roi de Francie Orientale (Germanie) de 1308 à 1313 , roi d’Italie de 1311 à 1313, roi de Bourgogne-Provence de 1311 à 1313, empereur de 1311 à 1313
Le 26 juin 1310, la signature du traité de Paris établit provisoirement la base d’une sorte de modus-vivendi. L’empereur Henri VII reconnait Philippe (futur Philippe le Long) comme comte de Bourgogne tandis que le roi Philippe le Bel reconnait le comté comme terre d’empire et accepte de faire l’hommage comme vassal à l’empereur. Mais l’hommage est différé jusqu’après le voyage que le comte Philippe doit effectuer en compagnie de l’empereur. Mais chacun traine les pieds pour ratifier le traité. Bien que pressé par le pape Clément V, Philippe le Bel ne le ratifie pas. Au contraire, Philippe le Bel multiplie les interventions en frontières de l’empire. Dès la fin de 1310, les relations entre le roi Philippe le Bel et l’empereur sont au plus bas.
.Vital de Maignaut, prince-archevêque de Besançon de 1312 à 1313
Ce n’est qu’à la mort en 1314 de Philippe le Bel que Jeanne II et Philippe V le long se mettent en possession du comté. Philippe devenu roi de France en 1316, confie le comté à son épouse Jeanne.
.Louis IV de Bavière (1282-1347) , roi de Francie Orientale de 1314 à 1347,roi de Bourgogne-Provence de 1314 à 1347 roi des Romains en 1314 puis empereur de 1328 à 1347 . roi d’Italie de 1328 à 1347
.Jeanne II (vers 1291-1330), comtesse palatine de Bourgogne de 1315 à 1330, reine de France de 1316 à 1322, comtesse d'Artois de 1329 à 1330,
.Jeanne III (1308-1347), comtesse palatine de Bourgogne de 1330 à 1347
.Philippe de Rouvres (1349-1361), duc et comte palatin de Bourgogne de 1349 à 1361
.Hugues VI de Vienne, prince-archevêque de Besançon de 1333 à 1355.
.Charles IV de Luxembourg (1316-1378), roi de Francie Orientale (Germanie) de 1346 à 1378, comte de Luxembourg de 1347 à 1352, roi de Bohême de 1346 à 1378 , roi d’Italie de 1355 à 1378. roi de Bourgogne-Provence de1365 à 1378, empereur (Charles IV) de 1355 à 1378
.Jean II de Vienne, prince-archevêque de Besançon de 1355 à 1361, évêque de Metz de 1361 à 1365 puis évêque de Bâle de 1365 à 1382
Fils de Vauthier de Vienne ( ?-1344), seigneur de Mirebel.
En 1355, il succède à son oncle Hugues VI de Vienne comme archevêque de Besançon et l’année suivante, il devient gouverneur du duché de Bourgogne, Philippe Ier de Bourgogne étant alors âgé de dix ans.
Puis Il devient évêque de Metz en 1361.
.Marguerite Ière (1309- 1382), comtesse palatine de Bourgogne et comtesse d'Artois de 1361 à 1382.
.Venceslas II (1361-1419), duc de Luxembourg de 1383 à 1388 empereur (Venceslas Ier) de 1378 à 1401
Fils de l’empereur Charles IV.
.Louis de Montbéliard, prince-archevêque de Besançon de 1361 à 1362
Fils d’Henri de Montfaucon et d’Agnès de Montbéliard, fille aînée de Renaud de Bourgogne ; frère cadet d’Étienne de Montfaucon, seigneur de Montfaucon et Comte de Montbéliard.
.Aymon de Villersexel, prince-archevêque de Besançon de 1363 à 1370
De la famille seigneur de la terre de Grammont dans le comté de Bourgogne.
.Guillaume II de Vergy (cardinal), prince-archevêque de Besançon de 1371 à 1391
Frère de Jean III de Vergy, seigneur de Fouvent, de Champlitte, de Port-sur-Saône, Autrey, sénéchal maréchal et gouverneur du comté de Bourgogne.
.Louis de Flandre dit Louis de Mâle, (1330-1384), comte palatin de Bourgogne de 1382 à 1384, comte de Flandre, de Nevers et de Rethel de 1346 à1384, duc de Brabant (1356), comte d'Artois de 1382 à 1384
.Marguerite III de Flandre (1350-1405), comtesse palatine de Bourgogne de 1384 à 1405, duchesse de Bourgogne de 1357 à 1361 En juin 1369, à 19 ans, elle épouse en secondes noces Philippe II de Bourgogne dit le Hardi.
.Gerard III d'Athies, prince-archevêque de Besançon de 1391 à 1404
.Thiébaud de Rougemont, archevêque de Vienne de 1397 à 1405, prince-archevêque de Besançon de 1405 à 1429
Issu de la même d'une ancienne famille que les princes archevêques Gérard et Eudes.
.Robert Ier de Bavière ou Ruprecht III de Palatinat (1352-1410) comte palatin du Rhin de 1398 à 1410, roi de Francie Orientale (Germanie) de 1401 à 1410 , empereur non couronné de 1401 à 1410
.Jean Ier dit Jean sans peur (1371-1419), comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne, comte d’Artois et de Flandre de 1405 à 1419,
La Commune de Besançon souhaite devenir la capitale du comté et offre au duc la régalie de la ville. Jean accepte cette proposition en octobre 1407 ce à quoi s'oppose le prince-archevêque Thiébaut de Rougemont. Il en appelle au pape et jette l’interdit sur la ville. Jean sans Peur ne désire pas se heurter avec l’autorité ecclésiastique et en mai 1409 il revient en partie sur sa promesse en transférant à Besançon uniquement la chambre des comptes et du conseil, mais pas le Parlement et la chancellerie qui demeurent à Dôle. .
.Philippe V de Bourgogne, comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne (Philippe III le Bon), comte d'Artois de 1419 à 1467
.Jean III de La Rochetaillée, prince-archevêque de Besançon de 1429 à 1437, cardinal
Il participe en 1432 au concile de Bâle et y est nommé en 1434 vice-chancelier de la Sainte-Église et protecteur de l’Ordre des Chevaliers Teutoniques.
.Sigismond de Luxembourg (1368-1437) , roi de Hongrie de 1387, roi de Francie Orientale ( Germanie) à partir de 1411, duc de Luxembourg de 1419 à 1433, roi de Bohême de 1419 à 1437, empereur de 1433 à 1437
.François Ier Condomieri, prince-archevêque de Besançon de 1437 à 1438, cardinal
.Jean IV de Norry, prince-archevêque de Besançon en 1438.
Fils de Pierre de Norry et de Jeanne de Montboissier.
.Frédéric III de Habsbourg (1415-1493) duc d’Autriche (Frédéric V) de 1457 à 1493,roi de Francie Orientale (Germanie) de 1440 à 1486 roi des Romains en 1440 puis empereur de 1452 à 1493, roi d’Italie de 1452 à 1493
.Quentin Ménard, prince-archevêque de Besançon de 1439 à 1462.
Bénéficiant de l'appui du duc de Bourgogne Philippe le Bon, il est ensuite nommé à Besançon où son ministère est marqué par un très important conflit avec les citoyens de la ville, alors qu'il revendique ses fonctions temporelles. Il doit prendre la fuite à la suite de la destruction par la population de son château de Bregille, quartier de Besançon. Son autorité n’est rétablie qu'après une intervention du Pape.
.Charles le Téméraire (1433-1477), comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne, comte d’ Artois de 1467 à 1477,
Fils de Philippe le Bon.
.Charles de Neufchâtel, prince-archevêque de Besançon de 1462 à 1498.
Fils de Jean de Neuchâtel-Bourgogne, seigneur de Montaigu, d'Amance et de Rigney, Chevalier de la Toison d'Or, lieutenant-général du duché et du comté de Bourgogne et de Marguerite de Castro. Charles de Neuchâtel est un parent du cardinal Jean de Neuchâtel.
Après la mort de Charles le Téméraire, les Français envahissent la Franche-Comté, et y font de grands ravages. Louis XI sait à la fois intimider et corrompre Charles de Neuchâtel.
.Marie de Bourgogne (1457-1482), comtesse palatine de Bourgogne de 1477 à 1482
.Maximilien Ier de Habsbourg (1459-1519), comte palatin de Bourgogne et duc de Bourgogne de 1477 à 1482 avec son épouse, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut, archiduc d’Autriche de 1493 à 1519, empereur de 1493 à 1519
Le duc Maximilien de Habsbourg apprenant que Charles de Neuchâtel a basculé dans le parti de la France, le déclare en 1478 déchu de ses fonctions et l'oblige même à quitter son palais archiépiscopal. Charles quitte donc son diocèse et se réfugie en France à la cour du roi Louis XI.
.Philippe VI (1478-1506) dit Philippe le Beau, comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne (Philippe IV) de 1493 à 1506, comte d’Artois, de Flandre et de Hainaut de 1482 à 1506, duc de Brabant, de Limbourg, de Luxembourg, de Gueldre, comte de Hollande, de Zélande, de Zutphen, roi de Castille et de Léon en 1506
.François II de Busleiden (cardinal secret) prince-archevêque de Besançon de 1498 à 1502.
Choisi par Maximilien de Habsbourg mais surtout par Marguerite d'York, veuve du duc de Bourgogne Charles le Téméraire, comme précepteur du jeune Philippe le Beau, fonction qu'il remplit de 1485 à 1495. François de Busleyden est l'un des représentants de Maximilien d'Autriche au traité de Senlis du 23 mai 1493. Il est conseiller de 1495 à 1502, maître des requêtes de l'hôtel en 1495, chef des finances à la suite de Philippe de Bourgogne-Beveren en 1497, premier maître des requêtes en 1498. Elu le 12 octobre 1498 par le Chapitre Métropolitain par recommandations de Philippe le Beau et Maximilien de Habsbourg.
Le pape Alexandre VI le nomme secrètement cardinal et lui confère le droit de succession au siège de Cambrai.
Il participe activement au gouvernement en l'absence de Philippe le Beau, conseiller domestique en 1500 et enfin chef du conseil aulique en juillet 1502 suite au renvoi de Henri de Berghes durant le voyage en Espagne. Il remplit de nombreuses missions diplomatiques tant pour Maximilien d’Autriche que pour Philippe le Beau.
.Charles II (1500-1558) comte palatin de Bourgogne, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut de 1506 à 1556, duc de Bourgogne de 1515 à 1555, roi d’Espagne (Charles Ier) de 1516 à 1556, roi de Naples et de Sicile de 1516 à 1556, empereur (Charles V dit Charles Quint) de 1519 à 1556
.Antoine Ier de Vergy, prince-archevêque de Besançon 1502 à 1541
Il appartient à une très vieille et puissante famille du comté de Bourgogne. En 1199, la seigneurie de Vergy est passée aux ducs de Bourgogne par le mariage d'Alix de Vergy (1170-1252) avec Eudes III de Bourgogne. Antoine appartient à l’une des branches cadettes issue de Guillaume de Vergy, frère d’Alix. Antoine est né du second mariage de Guillaume IV (seigneur de Vergy) avec Anne de Rochechouart de Mortemart.
Sous son règne, en 1537, l’empereur Charles Quint accorde aux Bourgeois de Besançon le statut de Ville Impériale Libre et donne à la Ville de Besançon ses armoiries actuelles (distinctes de celle de l’évêque).
A la Diète de Worms de 1521, le matricule d’empire la cite parmi les 83 villes libres impériales ; Besançon est alors imposée pour 180 florins alors que l’archevêché l’est pour 120 florins (Strasbourg l’est alors pour 550 florins).
L’archevêché est suffragant des évêchés de Belley, de Bâle et de Lausanne. L’archevêque choisi par le chapitre, est confirmé par une bulle du pape et comme prince d’empire reçoit l’investiture impériale.
.Pierre de La Baume, prince-archevêque de Besançon de 1541 à 1543, cardinal
Issu d’une très importante famille de la noblesse du Bugey. Il est l’oncle du cardinal Claude de la Baume qui lui succède.
.Philippe VII (1527-1598) comte palatin de Bourgogne, duc de Bourgogne de 1556 à 1598, comte d’Artois, de Flandre, de Hainaut, de Luxembourg de 1556 à 1598, roi d’Espagne de 1556 à 1598 (Philippe II), roi de Portugal (Philippe Ier) 1580 à 1598
Fils de Charles Quint et d’Isabelle de Portugal.
.Claude II de La Baume, prince-archevêque de Besançon de 1545 à 1584, cardinal en 1578, vice-roi de Naples
Neveu de Pierre de La Baume..
.Antoine Perrenot de Granvelle (1517 -1586), prince-archevêque de Besançon de 1584 à 1586, premier ministre des Pays-Bas espagnoles et vice-roi de Naples
Fils de Nicolas Perrenot de Granvelle, proche conseiller de l'empereur Charles Quint, puis garde des sceaux du Saint-Empire romain germanique.
Evêque d'Arras, archevêque de Malines puis cardinal, diplomate, conseiller d'État de l'empereur germanique Charles Quint, puis de son fils, le roi Philippe II d'Espagne, dont il est le seul Comtois auquel celui-ci accorde sa confiance. Il est en outre conseiller de Marguerite de Parme, gouvernante des Pays-Bas espagnols (du Cercle de Bourgogne), vice-roi de Naples et président du conseil suprême d'Italie et de Castille.
En tant qu’archevêque, il assiste à plusieurs diètes d'Empire, ainsi qu'aux pourparlers préalables au Concile de Trente, qu'il convoque au nom de Charles Quint. Grâce à l'influence de son père, devenu garde des sceaux, il se voit confier plusieurs missions politiques aussi délicates qu'importantes. Il prend part aux négociations de paix qui suivent la défaite de la Ligue de Smalkalde à la Bataille de Muehlberg en 1547. En 1550, il succède à son père en tant que secrétaire d'état ; à ce poste, il conseille Charles Quint au cours de la guerre contre Maurice de Saxe, il l'accompagne lors de la fuite d'Innsbruck, et il réussit à obtenir la paix de Passau en août 1552. L'année suivante, il arrange les détails du mariage de Marie Ière d'Angleterre et de Philippe II d'Espagne, à qui il offre ses services en 1555,
Le 25 octobre 1555, Charles Quint abdique ses droits sur les Pays-Bas, désormais unis et officiellement séparés du Saint-Empire, en faveur de son fils Philippe, déjà duc de Milan et roi de Naples. Il lui cède ses droits sur l'Espagne en 1556 et un peu plus tard, au seuil de la mort, ceux sur le comté de Bourgogne.
Il est nommé vice-roi de Naples par le roi d’Espagne Philippe II de Habsbourg.
.Ferdinand Ier de Habsbourg (1503-1564) archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1531 à 1564 ,roi de Bohême de 1526 à 1564,empereur de 1556 à 1564
Frère cadet de Charles Quint ..
L’'année de l'abdication de l'empereur Charles Quint. Philippe II envoie Antoine-Perrenot de Granvelle en mission aux Pays-Bas espagnols. Là, en avril 1559, Granvelle est l'un des émissaires espagnols qui négocient les traités du Cateau-Cambrésis, et lorsque Philippe quitte les Pays-Bas cette même année, il est nommé premier ministre de Marguerite de Parme, la régente des Pays-Bas espagnols. La politique répressive qu'il mène dans les provinces au cours de ses cinq années d'exercice lui assure des bénéfices tangibles : en 1560 il obtient l'archevêché de Malines, et en 1562, il est fait cardinal; mais l'hostilité croissante de la population interdit son maintien en poste ; aussi, en mars 1564, il se retire en Franche-Comté (Comté de Bourgogne).
.Maximilien II de Habsbourg (1527-1576), archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1564 à 1576, roi des Romains le 30 novembre 1562.roi de Bohême ,de 1564 à 1576, roi de Hongrie de 1564 à 1576, empereur de 1564 à 1576
Sur le papier, la retraite de Granvelle n'est que temporaire, mais dans les faits elle est définitive. Les six années qui suivent sont paisibles, interrompues seulement par une visite qu'il fait à Rome en 1565.
Mais en 1570, Granvelle, à la demande de Philippe II, revient aux affaires avec une mission diplomatique à Rome. Il négocie l'alliance entre les États pontificaux, la république de Venise et la couronne d'Espagne contre l'empire ottoman, alliance qui se conclut par la victoire à la bataille de Lépante. La même année, il est nommé vice-roi de Naples, un poste difficile et dangereux, qu'il occupe cinq années durant avec habileté. Philippe II l'appelle en 1575 à Madrid comme président du conseil des affaires d'Italie.
.Rodolphe II de Habsbourg (1552-1612) archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1576 à 1612,empereur de 1576 à 1612, roi de Hongrie et de Croatie de 1608 à 1612, roi de Bohême. de 1576 à 1612,
Fils de Maximilien II.
Parmi les plus délicates négociations de Granvelle dans ces dernières années, celles assurées en 1580, qui sont conclues par l'union des couronnes d'Espagne et de Portugal, et celles de 1584, où la France est tenue en échec grâce au mariage de l'infante Catherine avec Charles-Emmanuel Ier de Savoie, occupent une place particulière. Ces succès lui valent cette même année l'archevêché de Besançon, mais il est frappé de paralysie ; il n’est jamais intronisé, et meurt à Madrid en 1586.
.Philippe VIII (1578-1621), comte palatin de Bourgogne et duc de Bourgogne de 1598 à 1621,duc de Lothier, de Brabant, de Gueldre, de Limbourg et de Luxembourg, comte de Flandre et d’Artois, de Hainaut, de Hollande, de Zélande, de Namur , de Zutphen, seigneur de Malines, de Frise et de Salin, roi d’Espagne (Philippe III) de 1598 à 1621,
Fils du roi Philippe II d'Espagne et de sa quatrième épouse et nièce Anne d'Autriche, fille de l'empereur Maximilien II et de Marie d'Espagne.
.Ferdinand de Longwy dit de Rye (1550-1636) prince-archevêque de Besançon de 1586 à 1636, gouverneur du comté de Bourgogne
Fils de Girard de Rye, chambellan de l’empereur Charles Quint, chevalier de la Toison d'or, et de Louise de Longwy.
Après la mort de Cléradius de Vergy, le roi d’Espagne nomme Ferdinand de Rye gouverneur du Comté de Bourgogne. Celui-ci prend ainsi une part active à la résistance comtoise contre l'envahisseur français pendant la Guerre de Dix Ans en dirigeant la défense de Dôle pendant son siège de quatre-vingt jours par le prince de Condé.
.Matthias Ier de Habsbourg,(1557-1619) archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1612 à 1619,empereur de 1612 à 1619 ,roi de Bohême de 1611 à 1619,roi de Hongrie et de Croatie de 1608 à 1619
Cinquième enfant de l’empereur Maximilien II
.Ferdinand II de Habsbourg (1578- 1637) archiduc d'Autriche, roi de Germanie de 1619 à 1637,roi de Bohême de 1617 à 1619 et de Hongrie de 1618 à 1626 ,empereur de 1619 à 1637.
.Ferdinand III de Habsbourg (1608-1657), archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1637 à 1657 roi de Hongrie, de Bohême, empereur de 1637 à 1657
.François III de Rye, prince-archevêque de Besançon de 1636 à 1637
Fils de Philibert de Rye, général d'artillerie aux Pays-Bas espagnols.
Après des études à Rome, il est envoyé à Bruxelles à la cour des archiducs d’Autriche Albert et Isabelle de Habsbourg, alors souverains des Pays-Bas espagnols. Il se fait rapidement apprécier du couple princier qui le nomme chef de sa chapelle personnelle puis Grand aumônier.
.Philippe IX (1605-1665) comte et duc de Bourgogne de 1621 à 1665, comte d’Artois, roi d’Espagne (Philippe IV)
Fils de Philippe III
Sous son règne, en 1636, Richelieu décide d’attaquer Dôle. Le Prince de Condé mène les troupes royales. Mais les 4000 défenseurs résistent aux 15 000 hommes de l’armée française. Finalement devant l’avancée d’une armée de secours, les Français doivent se retirer après un siège de trois mois. Engagés par le roi de France, des mercenaires envahissent le comté par tous les côtés. Seuls Dôle, Gray, Salins et Besançon peuvent résister. Pillages, incendies, massacres se multiplient.
Après une dernière invasion française en 1644, des négociations s’ouvrent et aboutissent au traité de Westphalie en 1648 puis à la paix des Pyrénées en 1659 confirmant la suzeraineté des Habsbourg d’Espagne sur le comté.
Plus de 200 000 personnes soit environ la moitié de la population ont péri durant cette guerre.
Le roi d'Espagne Philippe IV de Habsbourg et comte palatin de Bourgogne meurt en 1665.
.Claude III d'Achey, prince-archevêque de Besançon de 1637 à 1654
Le château d’Achey a été construit par Philippe d'Achey qui, en 1137, prend possession de la terre dépendante des sires de Fouvent. Cette famille d'Achey, est une des plus illustres et anciennes du Comté de Bourgogne.
.Charles-Emmanuel de Gorrevod, prince-archevêque de Besançon de 1654 à 1659
Fils de Charles-Emmanuelle de Gorrevod, duc de Pont-de-Vaux (Ain), et d'Isabelle de Bourgogne-Fallais.
.Jean-Jacques Fauche de Domprel, prince-archevêque de Besançon de 1660 à 1662
Issu de la famille des seigneurs de Domprel dans le comté de Bourgogne.
.Léopold Ier de Habsbourg (1640-1705) archiduc d’Autriche, roi de Germanie de 1657 à1705, roi de Hongrie et roi de Bohême ,empereur de 1658 à 1705
.Charles III (1661-1700), comte de Bourgogne et duc de Bourgogne de 1665 à 1678, roi d’Espagne (Charles II)
Dès la mort de son père, Louis XIV, (à moitié Habsbourg par sa mère Anne d’Autriche (Habsbourg d’Autriche) revendique la Flandre et la Franche-Comté, au nom de son épouse Marie-Thérèse, fille du prince défunt. En 1667, il fait la conquête de la Flandre, puis durant l'hiver, il lance sur la Franche-Comté, sous la présidence du grand Condé, 1900 fantassins et 3000 cavaliers.
Le 2 mai, la paix est signée à Aix la Chapelle; la Flandre est cédée à la France, mais l'Espagne garde la Franche-Comté. Malgré ce traité, Louis XIV poursuit son idée de s’emparer de la Franche-Comté. En 1673, il rouvre les hostilités en lançant 24 000 hommes sur ses frontières. Comme en 1668, le roi d’Espagne n’est pas en mesure de résister. La guerre est déclarée le 12 octobre. Une résistance populaire s’organise. Les armées royales franchissent la Saône le 12 février 1674. Gray se rend le 28. Vers le milieu de mars, c’est Lons le Saulnier qui doit se rendre à son tour. Le peuple résiste vaillamment. Néanmoins Besançon est prise le 23, Pontarlier le 2 juin, Salins et Dôle le 22 juin.
Jusqu’à la révolution, le peuple comtois gardera un attachement inébranlable aux Habsbourg. Un certain nombre parmi les résistants les plus déterminés s’exilèrent.
Louis XIV place à la tête du comté de Bourgogne un intendant et transfère le parlement de Dôle à Besançon tout en lui enlevant ses pouvoirs politiques. Il entreprend une politique de séduction des nobles comtois en les attirant à sa Cour de Versailles.
.Antoine-Pierre de Grammont, prince-archevêque de Besançon de 1663 à 1698
Fils d’Antide de Grammont, baron de Mélisey, seigneur de Courbessaint, du Saucy, de Lantenot et de Saint-Germain, colonel d'infanterie, gouverneur de Dôle et de Salins, chevalier d'honneur au Parlement de Dole. La famille Grammont détient la seigneurie de Grammont dans le comté de Bourgogne, qui a donné le nom à la commune de Grammont. Par lettres patentes du 10 mars 1657, la terre de Grammont est érigée en Comté. Après la prise de Besançon en 1674, Louis XIV fait démanteler les châteaux de Franche Comté, celui de Grammont est rasé. Avec la conquête française qui aboutit au traité de Nimègue de 1678 qui détache la Franche-Comté et Besançon de l’empire et les incorpore au royaume de France, l'archevêque perd les prérogatives temporelles qu’il avait depuis le Moyen Age mais conserve seulement son titre de prince d'Empire.
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